Он приказал скрыть несчастье от армии, проболел некоторое время и умер в августе 1227 года. По одним источникам, ему исполнилось тогда 66 лет, по другим — 61 или даже 72 года. Мертвый главнокомандующий еще несколько недель стоял во главе своего сражающегося войска: о его кончине объявили согласно завещанию лишь после победы. Потом тело страшного героя увезли на родину и тайно похоронили.
Могила Чингисхана, по преданию, находится на южном склоне священной для монголов горы Буркан Калдун, в двухстах километрах от Улан-Батора. Это примерно 100 км2 поросших лесом скал и ущелий. В 1990 году японская археологическая экспедиция, оснащенная специальным радаром для подземных поисков, работала там, но ничего не нашла. Есть и иные «кандидаты» на место захоронения Чингиса и других, последовавших за ним великих ханов: скажем, древняя столица кочевников Аврага или район так называемой Стены пожертвований (провинция Хентий). Там в 2001—2002 годах копал известный искатель сокровищ из Чикаго Мори Кравиц. И тоже безуспешно.
Гениальный степняк?