По указанию Никона воздвигли в Ферапонтове особые хоромы — «кельи многие житей с двадцать пять» со «сходами и всходами», среди Бородавского озера насыпали из камней остров в форме креста. На острове Никон водрузил деревянный крест и проводил долгое время в молитвах. На кресте была вырезана следующая надпись: «Животворящий крест Христов поставил смиренный Никон, Божию милостию патриарх, будучи в заточении за слово Божие и за св. Церковь на Белоозере в Ферапонтове монастыре в тюрьме». Кресты с подобными же надписями были расставлены по его приказанию в разных местах на дорогах возле монастыря.
После смерти царя Алексея Михайловича в 1676 году положение Никона резко изменилось в худшую сторону. Патриарх Иоаким, его давний враг, предъявил ему многочисленные обвинения как смешные и нелепые, так и очень серьезные, например, сношения с посланцами Степана Разина. Этого было достаточно, чтобы перевести Никона в Кирилло-Белозерский монастырь и установить за ним усиленный надзор. Только в 1681 году Никон получил разрешение вернуться в созданный им Воскресенский Ново- Иерусалимский монастырь под Москвой, но по дороге заболел и умер.
С конца XVII века Ферапонтов монастырь окончательно приходит в упадок. В 1798 году обитель была упразднена, а ее церкви сделаны приходскими. В XVIII–XIX веках древние здания подверглись варварским ремонтам и переделкам, а некоторые были уничтожены. В 1857 году обветшавшую деревянную монастырскую ограду заменили каменной, которая частично дошла до нашего времени.
В начале XX века, в связи с пятисотлетием со дня основания, монастырь открыли вновь, но уже как женский. В 1908–1915 годах в нем были проведены восстановительные работы под руководством известных исследователей древнерусского искусства П. П. Покрышкина и К. К. Романова. Ныне здесь — филиал Кирилловского историкохудожественного музея,
Ферапонтов монастырь в отличие от соседнего Кирилло- Белозерского не был сколько-нибудь сильно укреплен и не считался крепостью. Вместо мощных каменных стен он имел лишь деревянную ограду с невысокими башнями по углам.
Главным, парадным въездом в монастырь служили каменные ворота в западной стене ограды, как обычно, называвшиеся Святыми, с кельей и сторожкой по сторонам и двумя небольшими храмами — Богоявления и Ферапонта — над ними (илл. 97). Это хорошо сохранившееся сооружение, построенное в 1649 году, составляло прежде основной фасад всего архитектурного комплекса, обращенного к дороге. По своей композиции — ворота внизу и храмы вверху — оно довольно традиционно.
Нижний ярус с двумя различной величины проездами, устои которых снаружи трактованы в виде широких граненых столбов с базами и капителями, типичен для таких построек. Гораздо своеобразнее выглядит верхний этаж, занятый двумя церквами. Это — прямоугольный объем с небольшими оконными проемами, завершенный прямым карнизом и покрытый четырехскатной кровлей. По своим формам он близок скорее к обычным гражданским, нежели к культовым постройкам, что явно свидетельствует о нарастании элементов светскости, так называемом процессе «обмирщения» в церковном зодчестве Руси в середине XVII века. Да и внутри объединенное помещение храмов плохо приспособлено для службы. Узкое, вытянутое, разделенное на две части только аркой, со слегка пониженными прямоугольными алтарями, оно явно не соответствует церковным каноническим архитектурным формам. Подобные храмы для данной эпохи представляли новшество, получив широкое развитие только в конце XVII-начале XVIII века.
Лишь возвышающиеся над кровлей на низких восьмериках два шатра, завершенные главками, указывают, что перед нами — храмы. Шатры, как это свойственно XVII столетию, имеют чисто декоративный характер. Они глухие и никак не связаны с внутренним пространством здания, ибо расположены прямо на сводах, с помощью опорных арок и столбов.
Живописны и нарядны фасады храмов. Пилястры делят их на две части соответственно проездам ворот. Узкие, длинные окна заключены в изящные вытянутые наличники с килевидным острым верхом, а вверху между ними расположены круглые проемы с обрамлением. Под карнизом идет широкая полоса из двух рядов своеобразного кирпичного орнамента с круглыми терракотовыми вставками. Она явно навеяна традиционным убранством более ранних храмов Белозерья, однако талантливый зодчий XVII века создал на этой основе свой собственный декор.