От соборного храма Рождества богородицы к другому основному сооружению монастыря — трапезной палате с церковью Благовещения ведут крытые двухъярусные переходы с встроенной в центре их колокольней. Сквозной арочный проход внизу колокольни с двух боковых сторон открывается внутренними лестницами на галерею, идущую к папертям трапезной и собора. Время возведения переходов и колокольни точно не известно. Судя по характеру архитектуры, а также по письменным источникам, отмечающим их существование с XVII века, возникли оба они не ранее этого столетия. Однако древние переходы, «по которым ходить было опасно», около 1794 года были сломаны и в 1797 году выстроены заново. Позднейший характер их архитектуры хорошо заметен по наличникам окон верхнего яруса, напоминающим обрамления новых оконных проемов церкви Мартиниана.
Колокольня сохранила свой первоначальный вид (илл. 98). Она довольно своеобразна и принадлежит к редкому типу подобных зданий. Это трехъярусное, почти квадратное в плане сооружение с шатром четырехгранной формы. Нижний этаж ее со всех сторон прорезан арками; с южной стороны, обращенной к воротам монастыря, к нему в XVIII веке было пристроено крыльцо с колонками. Второй этаж — глухой, с двумя небольшими окошками на южном фасаде. Ярус звона с двумя арками на каждой стороне венчает четырехгранный шатер с оконцами-слухами и часами (установлены в XVII в.), завершенный небольшой главкой на круглом барабане. Оформление колокольни лаконичное и простое: пилястры на углах, скромные межъярусные карнизы и архивольты проемов звона. Это свидетельствует о существовании глубоких традиций старины, настойчиво сохраняемых в постройках Севера на протяжении XVII и частично даже XVIII веков.
Особенно интересна церковь Благовещения с трапезной палатой (илл. 98). Она построена в 1530–1534 годах, как о том повествует храмоздательная надпись на каменной плите справа от входа в трапезную. Сооружение церкви Благовещения и трапезной вскоре после посещения монастыря великим князем Василием III и рождения у него сына заставляет предполагать, что строительство это было осуществлено в честь появления наследника. Видимо, оно производилось по распоряжению, а может быть, и на средства великого князя, как одновременные «вкладные» храмы Гавриила и Иоанна Предтечи в Кирилловом монастыре, с первым из которых Благовещенская церковь имеет очень много общего.
Обширная двухэтажная трапезная и высокая изящная церковь, примыкающая к ее восточной стороне, образуют единое сооружение. Подобная композиция, строящаяся на противопоставлении горизонтального и вертикального объемов, весьма характерна для аналогичных построек XVI века. Однако в Ферапонтове храм стоит не на продольной оси трапезной, как в Кириллове, Спасо-Прилуцком и Спасо-Каменном монастырях, а у ее длинной стороны. Этот контраст усилен и двускатной крышей палаты, идущей в направлении север-юг, параллельно западному фасаду самого храма.
Благовещенская трапезная церковь принадлежит к редкой разновидности зданий этого типа, одновременно являясь и звонницей. Постройки такого характера несколько более позднего времени известны нам по Спасо-Каменному и Кирилло-Белозерскому монастырям.
Стройный одноглавый храм кубической формы разделен на три этажа-яруса. Отсутствие алтарных апсид еще четче выявляет его кубичность, сближая здание с трапезной церковью Прилук. Высокий нижний ярус — перекрытое крестовым сводом подцерковье — использовался для хозяйственных нужд. Собственно храм занимал второй, основной этаж. Его квадратное в плане, бесстолпное помещение с сомкнутым сводом и распалубками по углам освещается четырьмя окнами, расположенными на восточной и южной стенах. Три дверных проема в западной стене (крайние — поздние) соединяют его с трапезной; внутристенная лестница в северо-западном углу ведет на колокольню.
Наиболее оригинален верхний ярус церкви, объединяющий колокольню с несколькими помещениями. Это — сложный лабиринт различных камер, ходов и небольших комнат, группирующихся вокруг центра — высокого цилиндрического барабана, увенчанного несколько вычурной главой XVIII века. Два помещения, вытянутые вдоль западной и частично северной сторон, занимали когда-то книгохранилище и тайник; пять камер, соединенных узкими проходами с барабаном, открывались на восточном и южном фасаде арками. В арках висели колокола, а барабан являлся великолепным резонатором. Принципиально по своему решению необычный ярус звона Благовещенской церкви находит прямые аналогии с верхом Гаврииловского храма. Почти тождественны и другие архитектурные формы этих построек: членение фасадов на прясла, сами пилястры и карнизы, характер завершения в виде трех рядов килевидных кокошников (средний утрачен). Можно, очевидно, говорить даже об их принадлежности одному зодчему. Правда, ферапонтовский храм отличается исключительной легкостью и изяществом, подчеркнутой вытянутостью вверх всех своих форм, что гораздо слабее выражено у его современника в Кириллове.