Тем не менее многие задачи управления приходилось решать совершенно по-новому. Требовалось обеспечить непрерывное слежение за обстановкой в глобальном масштабе, т. е. получать данные о развитии военных событий в кратчайшие сроки в различных районах земного шара. Необходимо было в считанные минуты принимать решения и отдавать приказы, осуществлять управление стратегическими операциями одновременно на нескольких континентальных ТВД, а также в воздухе, на море и в космосе и т.д. Никогда прежде высшие органы стратегического руководства СССР с такими проблемами не сталкивались.
B новых условиях возникала необходимость в передаче команд непосредственно до пусковых установок, ракетных подводных лодок и авиационных частей, минуя все промежуточные инстанции. Потребовалось перестраивать всю систему обработки информации с её отображением на экранах, создавать новые средства микрофильмирования, копирования и размножения, обработки и хранения данных.
В реалиях нового времени ни Ставка ВГК, ни Генштаб не могли, как прежде, осуществлять управление из постоянных мест дислокации. Обеспечить надежное руководство Вооружёнными Силами можно было лишь с постоянно действующих, отлично защищённых и технических оснащенных командных пунктов, которые требовалось занять ещё до начала войны. Все это и многое другое вынуждало перейти на новую структуру органов стратегического управления, разработать иные принципы их действий в боевой обстановке.
В 1970-1980-х гг. была тщательно отработана система руководства всеми группировками Вооружённых Сил в операции стратегических ядерных сил, стратегической операции по отражению воздушно-космического нападения и в стратегических операциях на океанских театрах военных действий.
Управление стратегическими ядерными силами предполагалось осуществлять строго централизованно с учётом специфических особенностей и различных вариантов возможного развязывания ракетно-ядерной войны. Право принятия решения на ввод их в действие принадлежало исключительно высшему политическому руководству страны, а боевые задачи вплоть до каждой пусковой установки, ракетной подводной лодки и любого экипажа стратегической авиации разрабатывал Генеральный штаб. Полётные задания рассчитывались в главных штабах РВСН, ВВС и ВМФ.
Приказы Верховного Главнокомандования на перевод сил в повышенную и полную боевую готовность, на первый пуск ракет и первый боевой вылет дальней авиации предполагалось передавать с ЦКП Генерального штаба по АСУ Центра боевого управления (ЦБУ) непосредственно на КП ракетных частей и подразделений, на КП авиационных полков (на аэродромы) дальней авиации и ракетным подводным лодкам. Эти приказы одновременно принимались на ЦКП видов Вооружённых Сил, КП объединений и соединений. Сбор информации предусматривалось осуществить в одно и тоже время с выдачей её на ЦКП Генштаба.
Руководить отражением воздушно-космического нападения также планировалось через Генеральный штаб. Непосредственное управление объединениями Войск ПВО страны, отдельными соединениями противоракетной, противокосмической обороны и соединениями предупреждения о ракетном нападении возлагалось на главнокомандующего Войсками ПВО страны, а силами и средствами ПВО фронтов и флотов — на командующих фронтами (флотами), Система управления Войсками ПВО страны строилась с использованием автоматизированных систем во всех звеньях, начиная от подразделений и заканчивая Центральным командным пунктом.
Руководство стратегической операцией на океанском ТВД со стороны Верховного Главнокомандования предполагалось осуществлять через Генеральный штаб и главнокомандующего Военно-Морским Флотом. Развертывание сил и нанесение первых ударов намечалось проводить централизованно.
Непосредственное руководство силами и средствами Военно-Морского Флота в ходе операции возлагалось на главнокомандующего и Главный штаб ВМФ. При этом имелось в виду, что управление подводными лодками стратегического назначения в районах боевого патрулирования будет возложено на главкома ВМФ, а удар ими можно будет нанести только по приказу Верховного Главнокомандования с ЦКП Генштаба.
Руководство стратегическими воздушными операциями намечалось осуществлять через Генеральный штаб, а непосредственное управление авиацией при ведении этих операций — через главкома и Главный штаб ВВС. Они же, опираясь на штаб Дальней авиации, должны были руководить её самостоятельными действиями. Применение ВВС на театрах военных действий возлагалось на главкоматы соответствующих стратегических направлении [159, с. 495].
Руководство войсками Дальнего Востока несколько отличалось от иных управленческих структур, поскольку удаленность дальневосточного региона от центра во все времена СССР заставляла создавать здесь особые высшие военные органы управления значительно раньше.