Коковцов, вместо вокзала, поехал в клинику и автоматически принял на себя обязанности Столыпина. Ему сообщили, что готовится еврейский погром, и он распорядился вернуть в город три казачьих полка, которые готовились к смотру следующего дня, - так как программа торжеств ни в чем не была изменена. Это был первый политический жест нового председателя Совета министров. На молебствие в соборе, назначенное в полдень 2 сентября, "никто из царской семьи не приехал и даже из ближайшей свиты государя никто не явился". А один член Третьей Думы подошел к Коковцову и выразил сожаление, что он своей мерой пропустил "прекрасный случай ответить на выстрел Богрова хорошеньким еврейским погромом".
Царя Коковцов нашел "совершенно спокойным"; он только "заметил, что полкам, конечно, было неприятно не быть на смотру после маневров". На опасения Коковцова относительно исхода покушения Николай ответил упреком в "обычном пессимизме" и был "удивлен" сообщением Коковцова, что "ген. Курлов уже по первым следственным действиям скомпрометирован в покушении на Столыпина его непонятными действиями".
Он также отказался от автоматической замены поста министра внутренних дел товарищем министра Крыжановским, говоря: "Я не имею основания доверять этому лицу". Очевидно, при Дворе уже имели в виду другого кандидата.
4 сентября вечером, соблюдая программу, Николай отплыл в Чернигов (где уже готовился еще один кандидат, черниговский губернатор Н. А. Маклаков, полюбившийся царской семье своим обращением). Столыпин был еще жив, но уже терял сознание, и царь его не видал. В ночь на 6-ое Столыпин скончался, несмотря на успокоительные прогнозы доктора Боткина, и царь, прямо с пристани, поехал в лечебницу поклониться его праху. Вернувшись во дворец, Николай вызвал к себе Коковцова и предложил ему, уже формально, пост председателя Совета министров. Коковцов поблагодарил за доверие, но прибавил, что "в трудных условиях управления Россией" ему необходимо знать, кто будет назначен министром внутренних дел. "Я уже думал об этом", ответил царь... и назвал Хвостова.
Тогда Коковцов, заявив царю о "вреде" такого назначения, попросил царя "освободить его от высокого назначения". Николай "терял терпение, дверь дважды приотворялась" (сигнал императрицы), и он спешно заявил, что считает назначение состоявшимся, и кортеж двинулся к поезду. Приехав в Петербург, Коковцов дал царю отрицательную характеристику Хвостова, и в его письме были следующие места, характеризовавшие его общую точку зрения: "(Хвостов) человек всем известных, самых крайних убеждений, находящихся в полном противоречии с тем строем государственной жизни, который насажден державною волею вашего И. В....
Что всего важнее, его назначение было бы принято всем общественным мнением и в особенности нашими законодательными учреждениями с полным недоумением и даже недоверием, побороть которое у него не хватило бы ни умения ни таланта, ни знаний, ни подготовленности". У Коковцова, очевидно, было основание тут же характеризовать и другого вероятного кандидата, Н. А. Маклакова, как человека "недостаточно образованного, мало уравновешенного, легко поддающегося влияниям людей, не несущих ответственности, но полных предвзятых идей" (тут, конечно, разумелся кн. Мещерский), который "едва ли сумеет снискать себе уважение в ведомстве и в законодательных учреждениях".
С своей стороны, Коковцов рекомендовал государственного секретаря Макарова, выдвигая особенно его "знание полицейского дела" и его "уважение к закону". Макаров и был назначен, причем в ответном письме царь подчеркивал его другие качества: при нем министерство войдет "в свои рамки" и внесет "деловое спокойствие" туда, где слишком развилась "политика и разгулялись страсти различных партий, борющихся, если не за захват власти, то, во всяком случае, за влияние на министра внутренних дел". Коковцов правильно усмотрел в этих намеках "явное неодобрение политики только что сошедшего столь трагическим образом со сцены Столыпина". Он не мог скрыть от себя, что это было неодобрением и его собственной политики, поскольку она выразилась в приведенных цитатах и характеристиках.
И если царь выражался намеками, то царица высказывалась прямее и категоричнее. 5 октября, в Ливадии, в день именин наследника, Александра Федоровна имела с Коковцовым специальный часовой разговор, раскрывавший ее карты и "буквально записанный" ее собеседником. Разговор этот начался с повторения слов государя. "Мы надеемся, что вы никогда не вступите на путь этих ужасных политических партий, которые только и мечтают о том, чтобы захватить власть или поставить правительство в роль подчиненного их воле".