27 марта пришли вести из Петербурга о первом разногласии Столыпина с Государственной Думой. П. А. Столыпин написал письмо Ф. А. Головину — Председателю Думы — о незаконности приглашения в думские комиссии сведущих лиц, находя это "недопустимым", а в заключении письма просил сообщить ему о мерах, кои Ф. А. Головин намерен принять к недопущению этого явления.
Головин ответил, что по точному смыслу закона законодательные учреждения призваны следить за закономерными действиями исполнительной власти и что законом не дано министрам права делать запросы Государственной Думе, почему Государственная Дума и не находит возможным сообщить, на каких основаниях Дума приняла совершенно правильное решение о приглашении в комиссии компетентных лиц.
29 марта Столыпин в свою очередь ответил, что так как участие этих лиц не предусмотрено законом и так как Председатель Думы отказывается с своей стороны принять какие-либо меры к недопущению их, то он отдает распоряжение заведующему охраной Таврического дворца не допускать в стены дворца никаких посторонних лиц, за исключением указанных в утвержденных 18 февраля с. г. правилах. Одновременно с сим в частном письме Столыпин написал Головину, что в Думе он не может допускать посторонних, так как это было бы нарушением Учреждения Государственной Думы, а вне Думы, конечно, могут происходить какие угодно совещания с приглашением посторонних. В конце концов после обоюдных уступок инцидент был улажен.
30 марта в Государственной Думе были очень резкие выпады по поводу привлечения к суду депутатов Кубстас, Кузнецова и Геруса, обвинявшихся по 126 и 127 статьям Уголовного уложения в принадлежности к преступному сообществу и в речах, направленных к ниспровержению существующего строя.
31 марта в Москве помощником градоначальника назначен был полковник Климович. До этого назначения Климович был начальником Московского охранного отделения. Климович представлял из себя выдающегося по уму администратора. Отлично знал секретно-агентурное и розыскное полицейское дело, это был честный человек и отличный семьянин, благодаря чему был человеком нравственным. В то же время это был большой ловкач, не без хитрости и себе на уме, карьерист, но не в ущерб делу. Как помощник градоначальника был вполне на месте, был головой выше своего начальника генерала Рейнбота, но умел себя так поставить, что это никому и в голову не приходило. Я лично очень ценил его способности и считал его выдающимся для полицейской службы человеком, поэтому в бытность мою товарищем министра выдвинул его в серьезную минуту на пост московского градоначальника, и не ошибся в нем.
9 апреля в Государственной Думе правыми депутатами был внесен на обсуждение Думы вопрос о порицании политических убийств, вызвавший весьма резкие дебаты. В результате большинством голосов порицание политическим убийствам было отклонено; этим самым те, которые голосовали против, оправдывали эти убийства. Таков был грустный результат голосования. Он придал только больше смелости террористам-революционерам, которые сделались наглее, и это, конечно, легло на совесть депутатов.
10 апреля в Москве состоялось чрезвычайное губернское земское собрание по поводу избрания гласных в землеустроительные комиссии. В этом заседании группа гласных, в числе 16-ти, во главе с Д. Н. Шиповым подала заявление с отказом от участия в этих выборах, мотивируя свой отказ тем, что они не хотят участвовать в решении аграрного вопроса, когда таковой разбирался в то время в Думе. Вообще во всех земских собраниях, где преобладали оппозиционные элементы, наблюдалась тенденция об отказе от участия в этих выборах, хотя цель землеустроительных комиссий вовсе не преследовала решение аграрного вопроса в его полном объеме и ничего не предрешала; землеустроительные комиссии являлись только органом содействия крестьянам в их острых земельных нуждах — восстановлении границ, уничтожении чересполосиц и содействии при покупке частных земель.
Оппозиционные группы в то время боялись всякого начинания правительства, клонившегося к улучшению быта крестьянского населения, так как начинания эти парализовали то враждебное настроение, которое оппозиционные элементы все время старались поддерживать в крестьянстве против правительства. За отказом 16 гласных в участии в выборах, выборы все же состоялись. Благодаря этой демонстрации землеустроительная комиссия только выиграла, так как оппозиционные элементы, тормозившие всякое, даже самое благое, намерение правительства, в нее не попали.