Граф С. Ю. Витте, присоединяясь к правым, предлагал "не закрывать глаза на этот, будто бы маленький вопрос", на самом же деле "затрагивавший прерогативы верховной власти". Он говорил, что ему как бывшему министру финансов известно, что в росписи каждый найдет 10 миллионов на сверхместные надобности в течение года, между тем как Морскому ведомству требуется для штатов всего 50 000 руб. Следовательно, по мнению графа Витте, не в деньгах дело, смешно говорить: "Скорее утверждайте, кончайте это дело, так как здесь вопрос сводится к 50 тысячам руб.". Чтобы утверждать, что проектируемые штаты не подлежат непосредственному повелению Государя императора, по мнению Витте, надо доказать и то, что Морской генеральный штаб является нестроевой частью, и то, что эта часть не имеет отношения к устройству Вооруженных Сил обороны Российского государства. Он ссылался и на японскую конституцию, в которой по отношению вопроса [вооруженных] сил и обороны страны императору предоставлена власть, обширнее власти российского императора. "Императорская армия, — сказал Витте, — создала необъятную Российскую империю, которая ныне, пожалуй, более всего недомогает от своего объема. Не рано ли нам менять ее на армию случайного дилетантизма?"
После Витте выступали В. Ф. Трепов, Пихно, Дубасов и Нарышкин, поддерживавшие Дурново. За болезнью Столыпина в защиту Кабинета Министров выступил В. Н. Коковцов. Он говорил, возражая Витте и делая по его адресу выпад, по поводу слов последнего о 50 000 руб., которые будто бы правительство не может найти без законодательных учреждений. "Может быть, это и было бы смешно, — сказал Коковцов, — если бы центр тяжести сомнений правительства лежал в том, что у него нет этих 50 тысяч. Их найти нетрудно, но вопрос лишь в том, достойно ли с точки зрения правительственной власти допускать, чтобы то или иное учреждение, которое в порядке верховного управления призвано к жизни, не имело определенных ресурсов для своего существования. Правительству такая точка зрения представляется во всяком случае недостойной". Далее Коковцов горячо отстаивал правительство. По баллотировке законопроект прошел, но всего 12 голосами. Победа Столыпину досталась нелегко.
Принятый Государственным Советом законопроект о штатах вызвал целую бурю в реакционных кругах. Деятельность кабинета резко критиковалась. Указывалось, что кабинет обнаружил стремление закрепить свое положение перед Думой, пренебрегши главной своей обязанностью — стремлением к упрочению своего положения перед верховной властью. Политические противники Столыпина старались скомпрометировать его инсинуациями о превышении власти, доказывая, что правительство уклонилось от правильного истолкования Основных законов. Крайние реакционные крути, противники Думы, стремились свалить Столыпина, надеясь, что тогда Дума уклонится влево и ее распустят, а дальше этого они не загадывали. Таким образом, все противники Столыпина объединились в мысли как-нибудь повлиять, чтобы законопроект о штатах не получил высочайшего утверждения.
Столыпин вернулся 22 апреля, в самый разгар страстей, и в заседании Совета Министров представил свои соображения, указав, что неутверждение законопроекта создаст весьма затруднительное положение для кабинета и чрезвычайные осложнения возможности работать в палатах. Кабинет переживал решительный момент.
27 апреля опубликован был высочайший рескрипт на имя П. А. Столыпина: "Не признав возможным утвердить законопроект о штатах Морского генерального штаба, поручаю Вам совместно с министрами военным и морским в месячный срок выработать в пределах, указанных государственными Основными законами, правила о том, какие из законодательных дел по военному и морскому ведомствам подлежат непосредственному моему разрешению, предначертанному в статье об сих законов порядку, и какие из означенных дел должны восходить ко мне на утверждение в общем законодательном порядке. Таковые правила, по обсуждении их в Совете Министров, имеют быть мне представлены и по одобрении мною преподаны к неуклонному исполнению. Вся деятельность состоящего под председательством Вашим Совета Министров, заслуживающая полного моего одобрения и направленная к укреплению основных начал незыблемо установленного мною государственного строя, служит мне ручательством успешного выполнения Вами и настоящего моего поручения, согласно моим предуказаниям. Пребываю к Вам неизменно благосклонный Николай".