Период времени до 1991 года можно охарактеризовать как период ведения бесплодных переговоров (как с участием Москвы и Еревана, так и двусторонних – между руководствами Нагорного Карабаха и Азербайджана), принятия Москвой и Баку неосуществляемых решений, возникновения целой армии беженцев как с одной, так и с другой стороны, локальных вооруженных столкновений между армянами и азербайджанцами как в самом Нагорном Карабахе, так и на армяно-азербайджанской границе. 2 сентября 1991 года в Степанакерте состоялась совместная сессия Нагорно-Карабахского областного и Шаумянского районного Советов, которая приняла Декларацию о провозглашении Нагорно-Карабахской Республики в границах автономной области и Шаумянского района. Председателем исполкома республики был избран Леонард Петросян. В ответ на это азербайджанская сторона впервые подвергла Степанакерт обстрелу из ракетных установок типа «Алазань». 23 сентября в Железноводске (Россия) по инициативе Бориса Ельцина и Нурсултана Назарбаева прошли переговоры между делегациями Армении, Азербайджана и Нагорного Карабаха по вопросу урегулирования карабахского конфликта. Было принято совместное коммюнике, однако уже 25 сентября был осуществлен первый артиллерийский обстрел Степанакерта из близлежащих азербайджанских населенных пунктов, ставший фактическим началом армяно-азербайджанской полномасштабной войны. 5 мая 1994 года при посредничестве России, Киргизии и Межпарламентской Ассамблеи СНГ в столице Киргизии Бишкеке Азербайджан, Нагорный Карабах и Армения подписали протокол, вошедший в историю урегулирования карабахского конфликта как Бишкекский, на основании которого была достигнута договоренность о прекращении огня. С 9 по11 мая проходило оформление российским посредником договоренности о повсеместном прекращении огня. Документ был подписан главами оборонных ведомств Азербайджана, Армении и Нагорного Карабаха. Соглашение вступило в силу 12 мая 1994 года и действует по сегодняшний день.
В тот же период времени в фазу войны вошли и грузино-абхазский и грузино-югоосетинский конфликты. Южная Осетия и раньше лелеяла мысль о выходе из Грузинской ССР и об объединении с Северной Осетией в рамках РСФСР, а на волне перестройки начала открыто требовать этого. 20 сентября 1990 года власти автономии во главе с Торезом Кулумбеговым заявили о провозглашении Республики Южная Осетия в составе Грузии. В ответ президент Грузии Звиад Гамсахурдиа заявил о ликвидации автономии и образовании на ее территории особой области Шида Картли. 8 января 1991 года министр внутренних дел Грузинской ССР Давид Хабулиани заявил, что осетинское население должно покинуть пределы Грузии. На следующий день, выступая на чрезвычайной сессии Верховного Совета Грузии, Гамсахурдиа призвал защитить грузинскую землю от «агрессора – осетин и русских». 14 января грузинской милицией в Цхинвали были завезены гранатометы и огнеметы, неделю спустя в город вошла большая группа грузинских вооруженных боевиков «Мхедриони», чуть позже очаг напряженности переместился из Цхинвали в осетинские села, откуда началось массовое изгнание осетин. В результате боевых действий было убито более 2 тыс. человек. 29 мая 1992 года был принят Акт о государственной независимости Республики Южная Осетия. При посредничестве Президента РФ Бориса Ельцина в июле 1992 года было объявлено о прекращении огня, за соблюдением этого следят Смешанные силы по поддержанию мира, состоящие из российских, грузинских и южноосетинских воинских подразделений. Часть жителей вернулась в свои дома, но, по некоторым оценкам, около 50 тыс. человек все еще остаются беженцами.
В период войны, 19 января 1992 года, в Южной Осетии был проведен референдум по вопросам провозглашения независимости и присоединения к России. Подавляющее большинство жителей высказались за, и 29 мая 1992 года парламент республики опубликовал акт о государственной независимости. Война закончилась в июле 1992-го. Согласно Дагомысскому соглашению, в республике были размещены трехсторонние (российские, грузинские и южноосетинские) силы по поддержанию мира, основу которых составил российский батальон. Сейчас 98% из 70 тыс. осетинского населения имеют российские паспорта, еще тысяча человек из 20-тысячного грузинского населения Осетии подали документы на их получение.