Озлобленный царь не только не забыл о той главной и руководящей роли в восстании, которую сыграл рабочий баталион, не только приказал выделить его «дело» в особую группу дел, не подлежащих рассмотрению новгородской и старорусской следственных комиссий, но лично стал судить «этих отъявленных негодяев». Правда, вести следствие поручено было генералу Клейнмихелю, но в сущности все следствие вел сам Николай I. Он проявил исключительный интерес к следственному делу. И понятно: эта мятежная горсть людей причинила ему столько тревог, огорчений и страхов. Ей он обязан возникновению страшного возмущения, и где же? — у ворот столицы. Поэтому Клейнмихель был только рупором царя. Еще до начала следствия царем были разделены на разряды предполагаемые преступники; точно определено, как содержать их (наиболее важные закованы в кандалы), определено и количество ударов, которое должна вынести та или иная спина. Суд превратился в жестокую комедию. Несомненно, интерес царя к делу рабочего баталиона мог только усилиться еще и потому, что эта горсть людей, одетых в солдатские мундиры, по социальному признаку представляла собой резкое отличие от своих товарищей по возмущению — солдат-хлебопашцев. Все они оказались рабочими: машинистами, слесарями, кузнецами, каменотесами, столярами и т. п.
Заодно с мастеровыми рабочего баталиона судились и мастеровые полуроты Киевского поселенного полка. 795 обвиняемых были разделены на 4 разряда. Часть повстанцев 1-го разряда была присуждена к колесованию, замененному наказанием кнутом и с «постановлением» штемпельных знаков ссылкой в Сибирь, в каторжную работу. Другая, большая часть — к шпицрутенам и розгам. 270 человек, зачисленных в 2-й разряд, были отправлены в арестантские роты морского ведомства без срока. Остальные зачислены в военно-рабочие роты инженерного корпуса.
21-го января в Кронштадте началась экзекуция. Наказание было тяжким. Над двенадцатью мастеровыми наказание не было окончено «по слабости здоровья их». С места экзекуции они были отправлены в госпиталь до окончания над ними наказания. Но и впоследствии сразу окончить наказание не удалось. Так, мастеровой Платон Чернов «выходил из наказания три раза и был отправлен в Кронштадтскую госпиталь, в которой 11 числа минувшего февраля и умер». Следовательно, за три недели человека, подлечивая в госпитале, наказывали трижды. Это значит: по изрубленной уже ранее палками спине, по кровоточащему мясу, по струпьям, били снова и снова. «Достальное наказание» производилось также в несколько приемов еще над четырнадцатью мастеровыми. Они наказание выдержали. По крайней мере, по официальным данным, сразу после наказаний не умерли.
Так закончилась полным разгромам страшные для дворянского государства восстания военных поселян.
Что показали эти восстания? Прежде всего эти восстания показали, как велика и как жестока была эксплоатация крестьян помещиками-крепостниками, с одной стороны, и как велики были ненависть и возмущение крестьян крепостными порядками, с другой стороны. Вместе с этим восстания показали, какой могучей силой в борьбе с эксплоататорами является сила массового движения эксплоатируемого класса, какие упорство и героизм в самые тяжелые для борющихся минуты проявляло восставшее крестьянство, одетое в военную шинель.