Москва знала уже достаточно разногласий по поводу догмы и церковной дисциплины. Уже не одна секта, даже из тех, которые, подобно хлыстовщине или беспоповщине должны были фигурировать на первом плане в будущем расколе, зародилась в недрах национальной церкви. Обыкновенно такие беспорядки подавлялись посредством строгостей или широкой терпимости. Темперамент Никона в связи с тем щекотливым положением, в которое он лично попал, повел к тому, что ни одно из этих средств не было принято. Натура его восставала против всяких компромиссов, но с другой стороны, под давлением обстоятельств, он сознавал необходимость подчиниться им, – тогда он стал лавировать. Когда в мае 1656 года Неронов по совету Бонифатьева надел рясу, Никон представил его Собору и добился на нем решения отлучить виновного от церкви, но в апреле следующего года он его помиловал и пригласил к своему столу! В то же время, даже в стенах Кремля, допускались уклонения от официального ритуала; но тогда же распространился слух о трагической кончине прежнего коломенского епископа, умершего, по версии одних, в сумасшествии, являвшимся последствием телесного наказания, а по другим – растерзанного хищными животными или сожженного живым. Легко понять влияние этих небылиц на неразвитые умы. Раздраженная и в то же время ободренная партия оппозиции черпала в них новую силу.
В августе 1657 года значительное количество исправленных книг было послано в Соловки для распределения их по решению общины между соседними церквами. Служа в одно и то же время местом изгнания и убежищем для осужденных и беглецов всякого рода, этот монастырь не имел ничего общего со спокойствием Фиваиды. Там постоянно веял мятежный дух. Никон только что сослал туда князя Михаила Львова, старого управляющего московской типографией при патриархе Иосифе и одного из активных вождей реакционного движения. Соловецкие монахи также точили зубы на патриарха за старое, помня еще то время, когда он, будучи новгородским митрополитом, держал монастырь под своею властью. Разве он не вмешивался тогда в проверку качества просфоры, которая там готовилась в большом количестве и в которой частенько, по-видимому, отсутствовала пшеничная мука?
Лично принадлежа к партии, недавно принявшей сторону Неронова, архимандрит Илья созвал Собор монахов и священников, так называемый черный или народный Собор, и на нем было решено держаться старых книг и отправить в этом смысле прошение царю. Когда оно прибыло в Москву, там уже не было Никона, который ответил бы на него так, как оно этого заслуживало. В свою очередь он узнал всю горечь немилости и ссылки. Дело так и осталось нерешенным и, одержав видимую победу, знаменитый монастырь все более и более обращался в очаг агитации и пропаганды против реформы.
С 1657 по 1666 год гражданские и церковные власти имели еще неосторожность скопить в этом месте весь горючий материал, издавая все новые приказы о ссылках и направив туда до ста пятидесяти лиц. В 1660 году архимандрит монастыря Св. Саввы, любимого места уединения Алексея, Никанор фигурировал в их числе после того, как неразумно домогался наследовать Никону, и бунт получил вождя, которого ему недоставало.
В 1666 году был созван Собор, который должен был судить Никона и решить в то же время участь его реформы. В этот момент, долго колеблясь между противоположными мнениями и влияниями, Алексей принял наконец решение. Желая избавиться от бывшего патриарха и от кризиса, в который этот второй бунтовщик вовлек церковь и государство, царь думал прибегнуть к помощи восточных патриархов. Но призыв к их дисциплинарному авторитету влек за собою принятие и их канонической власти. И, следовательно, Никона пришлось отделить от дела: последнее должно было получить окончательную санкцию, в то время как бывший патриарх должен был получить то наказание, которого он заслуживал совсем по другим причинам. Такова была основная мысль, господствовавшая на собраниях большого Собора 1666–1667 годов, и такова история и большой части человеческих предприятий.
Но в том религиозном споре, в который она была вовлечена Алексеем, эта комбинация еще осложнялась целым рядом очень беспокойных элементов. Она подчеркивала экзотический характер реформы и усилила против нее негодование национального чувства. Эта комбинация ввела, кроме, того в борьбу те насильственные меры, от которых она до сих пор была избавлена. Традиции страны склонялись к пощаде и компромиссам; Восток, призванный в качестве третейского судьи, должен быть принести с собою совершенно иные стремления.