В хаотический начальный период войны с Германией Говоров командовал артиллерией Западного направления, а затем – артиллерией Резервного фронта во время одержанной этим фронтом в сентябре победы под Ельней и во время последующего трагического окружения и уничтожения фронта в октябре этого же года под Вязьмой. После того, как Говоров чудом выжил в этом тяжком испытании, в знак признания его роли в победе под Ельней Ставка в середине октября назначила его заместителем командующего Можайским оборонительным рубежом, а в конце октября 1941 года – командующим 5-й армией Западного фронта, которую он с успехом возглавлял на протяжении всей битвы за Москву.
Оценив успешные действия Говорова в битве под Москвой, Ставка в апреле 1942 года направила его в Ленинград – сначала в качестве командующего различными группами войск Ленинградского фронта, а с июня 1942 года – всего Ленинградского фронта, которым он успешно руководил вплоть до конца войны.
Во время своего пребывания в должности командующего Ленинградским фронтом Говоров спланировал и провел в январе 1943 года Синявинскую наступательную операцию, которая частично сняла немецкую блокаду, а в феврале того же года принял участие в проводимой Жуковым, но не увенчавшейся успехом операции «Полярная звезда». После этого он планировал и координировал все последующие операции с участием нескольких фронтов в районе Ленинграда, в том числе Ленинградско-Новгородскую наступательную операцию, которая отбросила войска вермахта от Ленинграда, Выборгскую и Карельскую наступательные операции в июне и в июле 1944 года, которые отогнали от Ленинграда финские войска, а также операции против вермахта в Прибалтике и Курляндии в конце 1944 года и в 1945 году.
Сталин выбрал Говорова в качестве командующего фронтом и представителя Ставки за его неизменно здравые суждения и замечательное умение планировать операции и вдохновлять свои войска. Один его коллега в Генштабе замечал, что Говоров:
Говоров был одним из 11 генералов Красной Армии, награжденных высшим военным орденом СССР – орденом Победы.72
Единственным членом Ставки от советского Военно-морского флота был Николай Герасимович Кузнецов. Он начал службу во время гражданской войны матросом Северо-Двинской флотилии в Архангельской области. Став в 1926 году офицером военно-морского флота, он первоначально получил назначение на крейсер Черноморского флота «Червона Украина». После учебы с 1929 по 1932 год он снова вернулся на Черноморский флот и командовал той же «Червоной Украиной» в 1935 году, когда корабль был награжден званием «лучший корабль флота».
Это достижение вкупе с убылью в среде офицеров флота во время чисток открыло Кузнецову пути к стремительной карьере. В 1937 году Кузнецов некоторое время занимал пост военно-морского атташе при республиканском правительстве Испании, а в августе 1937 года стал заместителем командующего Тихоокеанским флотом. Наконец, после того, как прежний командующий флотом Киреев попал под чистку, Сталин в ноябре 1938 года назначил Кузнецова на его место. Всего несколько месяцев спустя, в феврале 1939 года, он сделал Кузнецова первым заместителем командующего военно-морским флотом. В апреле 1939 года, когда Кузнецову было всего 36 лет, он стал командующим флотом и народным комиссаром военно-морского флота – посты, которые он постоянно занимал до 1946 года. В соответствии с этими возложенными на него обязанностями Сталин в июне 1941 года присвоил Кузнецову звание адмирала.73