Члены Ордена отказались сдать горные замки, некоторые из которых оборонялись годами; крепость Гирдскух монголы не могли взять двадцать лет. Весь Орден ассасинов, кроме нескольких аристократов, упорно сопротивлялся монголам Хулагу-хана, даже не вступая с ним в переговоры. Хулагу-хан атаковал Аламут.
Главный историк Монгольской империи, казненный за высочайший профессионализм и обширнейшие знания в XIII веке, писал о взятии Аламута:
«Покоряющие мир знамена подошли к Аламуту. Хулагу-хан послал к крепости Руккн-дина Хуршаха, чтобы тот вывел исмаилитов, но главный воевода Аламута заупрямился. Хулагу-хан окружил замок и три дня нападали и притворно наступали. Затем он послал им ярлык о пощаде. В субботу 26 числа месяца зи-лка 654 года (15 декабря 1256 года) воевода вышел и сдал крепость. Монголы поднялись наверх, разбили камнеметы и снесли ворота. Жители попросили три дня срока для перевозки пожитков. На четвертый день явились воины и учинили грабеж. Хулагу-хан поднялся наверх для осмотра Аламута и от величия этой горы прикусил палец изумления.
В четверг 10 числа месяца мухаррама 655 года (28 января 1257 года) Хулагу-хан дал Хуршаху ярлык и пайдзу, подарил ему почетную одежду и пожаловал ему в жены монгольскую девушку. Обоз Хуршаха с челядью и вьючным скотом поселили в Казвине. Он послал с гонцами 2–3 человека в сирийские крепости, чтобы, когда туда прибудут монгольские державные знамена, крепости бы сдали. После того, как Хуршах покончил со свадьбой, Хулагу-хан, поскольку заключил договор, пощадил его, он не хотел нарушать договора и покушаться на него.
До тех пор, пока множество принадлежавших исмаилитам в Сирийском краю крепостей не сдались по его Хуршаха слову, Хулагу-хан некоторое время содержал его в почете и ласке, а то пришлось бы их завоевывать годами. Затем он его отправил на служение к каану. О смерти его рассказы различны. Подлинно то, что когда до каана дошло известие, что едет Хуршах, он соизволил сказать: «Зачем его везут и понапрасну утомляют конвой?» – и послал гонцов, чтобы его по дороге убили. А в здешнем краю, после того как Хуршаха отправили, всех его родичей и приверженцев, от женщин до младенцев в колыбели, перебили между Абхаром и Казвином, так что он них не осталось ни следа».
Монголы Хулагу-хана взяли около сорока крепостей ассасинов. Оставалось еще столько же, которые оборонялись длительное время, но государства Хасан-ас-Саббаха больше не существовало.
Архив Аламута принимал Ага Малик Джувейни, личный историк Хулагу-хана. По этим материалам он написал историю ассасинов, дошедшую до нашего времени. Другие материалы, включая рукопись «Сергузашт-и-Сейидина», посвященную жизни основателя Аламута, в оригинале не сохранились.
Уничтожив, но не подчинив государство ассасинов, в 1257 году Хулагу-хан двинулся на Багдад. Халиф не смог собрать большое войско. В конце января 1258 года после десятидневного штурма Хулагу-хан взял Багдад.
Население города было полностью вырезано, город был совершенно разграблен, библиотеки и все произведения искусства были уничтожены. Страшный разгром Халифата продолжался почти месяц. Все захваченные Аббасиды были казнены.
После захвата и уничтожения Багдада войско Хулагу-хана двинулось в Сирию. У Халеба, полностью разграбленного, Хулагу-хан получил сведения о смерти великого хана монголов Менке, остановил наступление и вернулся в Азербайджан. В Сирии ему удалось разрушить только несколько крепостей ассасинов, которые оставались значительной политической силой, с ними считались все феодальные владетели.
В Египте успели укрепиться мамелюки, рабы-гвардейцы, ранее составлявшие войско Салах-ад-Дина и его наследников, султанов династии Айюбидов. Правили они и в части Сирии, не захваченной монголами. Между их владениями возвышались замки ассасинов.
Управлявший Сирийским султанатом мамелюк Кутуз собрал большое войско и в сражении при Айн-Джелуте разгромил войско монголов, оставленное в Сирии. Остатки монголов ушли из Сирии. В этом же 1260 году в Каире был торжественно восстановлен Халифат Аббасидов. Халифом был поставлен случайно уцелевший дядя последнего государя, но страной реально правили мамелюки.
Хулагу-хан решил остаться в Иране и создать собственное государство, с формальным старшинством великого хана в монгольском Каракоруме. В 1263 году Хулагу-хан получил титул «иль-хан» – «повелитель народа». Столицей нового государства ильханов стал Багдад.
Мамелюкские эмиры, правившие в Египте и в Сирии, стали сами выбирать султана. До 1517 года правили мамелюкские династии Бахри и Бурджи, в историю вошли султаны Айбек, Бейбарс, Калаун, Гури.
В 1273 году войско мамелюкского султана Бейбарса, подчинившего все последние владения крестоносцев на восточном побережье Средиземного моря, взяло последний замок сирийских ассасинов. Самих ассасинов Бейбарс уничтожать не стал, они остались жить в Сирии как особая группа. Мамелюкский султан пользовался их профессиональными услугами в борьбе с конкурентами. Так же поступали и его последователи.