Великобритания потребовала от афганского эмира принять в Кабуле тысячную английскую миссию, порвать все отношения с Россией, выслать из страны русскую миссию. Не дожидаясь ответа, 21 ноября 1878 года, она начала вторую англо-афганскую войну.
Шестидесятитысячная английская армия заняла Кандагар, Джелалабад и Кабул. Эмир Шер Али-хан объявил, что едет за помощью в Санкт-Петербург, и на следующий день внезапно умер. В мае 1879 года новый эмир Якуб-хан подписал новый афгано-английский договор, по которому к Британской Индии отходил юг Афганистана, а страна лишалась права вести самостоятельную внешнюю политику. В июле 1879 года в Кабул вошли англичане. Через месяц в столице Афганистана началось восстание. Английский резидент был убит, а Якуб-хан бежал. Через месяц английские войска после упорных боев взяли Кабул, казнив многих защитников города, но было уже поздно – народная война бушевала по всей стране. В декабре 1879 года афганцы отбили Кабул, но удержать не смогли – в январе 1880 года англичане вновь взяли столицу Афганистана.
В июне 1880 года во главе большой армии на Кабул двинулся племянник Шер Али-хана эмир Абдуррахман-хан. Именно с ним связано усиление Афганистана. Этот талантливый государь создал в стране единый административный аппарат, регулярную армию и денежную систему. Абдуррахман-хан основал династию, с которой Афганистан вошел в XX век.
Абдуррахман-хан смог договориться с англичанами и 20 июля 1880 года был объявлен эмиром. Через год его власть распространилась на все афганские земли кроме Герата. Его правитель Аюб-хан начал войну с новым эмиром за Кандагар. Абдуррахман-хан дважды разбил Аюб-хана, который ушел в Иран. Герат вошел во владения эмира, который стал полновластным правителем Афганистана.
Абдуррахман-хан был признан королевой Великобритании. Английские войска вывели свои войска из страны, но контроль за внешней политикой Афганистана оставили. Юг афганских земель был включен в состав британских владений в Индии.
Новый эмир создал сильную вертикаль власти. Абдуррахман-хан усовершенствовал государственный аппарат. Эмир значительно усилил полицию которая активно проверяла военных и чиновников и докладывала эмиру о хищении и коррупции бюрократии.
Караванные пути стали полностью безопасны – Абдуррахман-хан уничтожил всех разбойников. Объемы внешней и внутренней торговли многократно выросли, обеспечивая регулярно поступление денег в казну. Эмир Афганистана писал в своей биографии:
«Я стремлюсь улучшить условия торговли, хороша зная, что в этом кроется залог процветания моей страны и величайший источник обогащения.
В прежние времена масса иностранных товаров всякого рода привозились в Афганистан, вместо которых из страны вывозили много денег. В настоящее время все эти товары производятся в Кабуле, а деньги, выручаемые от продажи этих товаров, опять пускаются в оборот. Сейчас из страны вывозятся в большом количестве каракулевые шкурки, рубины, золото, лазурь, фрукты, шерсть, лошади, строевой лес, опиум, лекарственные растения. Этот вывоз приносит стране большую выгоду.
Я развел в стране фруктовые деревья и ввел культуру сахарного тростника. Из Индии в большом количестве для разведения привезены апельсиновые и банановые деревья.
Небольшая торговля, ранее существовавшая в Афганистане, находилась в руках индусов. Вследствие этого страна только беднела, потому что все барыши чужестранные торговцы отсылали к себе домой. Я же поощрил моих подданных самим взяться за торговлю и для этой цели ссудил им деньги из государственного казначейства, не налагая никаких процентов на капитал. Подданные мои заняты мирными делами и не могут, поэтому, заниматься восстаниями и мятежами.
Мы не должны повторять ошибку того человека, который зарезал гуся, приносившего ему каждый день по золотому яйцу, в надежде получить эти яйца разом.
Главный залог безопасности Афганистана кроется в его естественном неприступном положении. В каждой горной вершине Бог даровал нам природную крепость и иностранцы хорошо знают, что афганцы, как прирожденные воины, могут долго бороться в своих неприступных горах, прячась за каждым камнем, не показываясь лицом к лицу с противником в открытом поле».
Во внешней политике Абдуррахман-хан лавировал между Россией и Англией, стараясь соблюдать национальные интересы, и не давая англичанам втравливать Афганистан в войну с Российской империей. В 1892 году по Афганистану совершил путешествие талантливый военачальник генерал А.Е. Снесарев, писавший об афганцах: