После того как немецкие войска дошли до Ленинграда и окружили его, морские и сухопутные береговые батареи заняли такие позиции, чтобы продолжать мешать судоходству и ремонтным работам. Когда 15 сентября советские крейсера и эскадренные миноносцы стали передислоцироваться в Кронштадтской бухте по направлению на запад, они попали под огонь противника и после этого вернулись на свои хорошо замаскированные якорные стоянки. Возможно, эта попытка выйти в море явилась поводом для предположения, что советский флот хочет якобы прорваться в Швецию, и это привело тогда к созданию немецкого «Балтийского флота». 25 сентября орудийным огнем был поврежден советский эскадренный миноносец. В общем немецкие береговые батареи (768-й дивизион тяжелой артиллерии) осенью 1941 г. действовали довольно активно; им удалось уничтожить несколько кораблей, нефтяных цистерн и пр. сооружения, но им не удалось подавить и уничтожить советскую береговую артиллерию, а также и корабельную артиллерию, действовавших согласованно.
2-му дивизиону 38-ro зенитного полка, занимавшему позиции на Неве, удалось в различных операциях в сентябре потопить 7 канонерских лодок и 1 паром, а также повредить несколько кораблей.
Положение Ленинграда в 1941 г. было исключительно тяжелым. Численный состав гарнизона был невелик, недоставало продовольствия, горючего и прочих предметов снабжения. Правда, из сильно потрепанных дивизий, отступивших из Таллина и Ханко, были выделены подкрепления для Ленинградского гарнизона, а зимой 1941/42 г. в окопы были отправлены даже моряки. Однако и немецкие войска уже не располагали достаточными силами для занятия ослабевшего и павшего духом города, а позднее необходимые для этого дивизии довольно часто были обещаны, но постоянно использовались где-то в другом месте.
Немецкий оперативный план предусматривал блокирование советских военных кораблей минными заграждениями и вслед за этим занятие портов Балтийского моря со стороны суши.
Одновременно немецкие войска продвигались на восток и окружили вначале Лиепаю. Советский опорный пункт отчаянно защищался, и русские решились в конце концов на прорыв; но прорваться удалось лишь остаткам гарнизона. 28 июня немецким соединениям, среди которых находились также морские части, которые использовались на суше с большими потерями, удалось овладеть Лиепаей. В порту были найдены старый эскадренный миноносец «Ленин» и 5 подводных лодок, которые затопили себя. Вентспилс пал 1 июля, Рига — 4-го, Пярну — 8 июля, но затем немецкое наступление в середине июля из-за стойкого сопротивления советских войск вдоль побережья прекратилось. Войсковая береговая батарея в Виртсу сначала 14 июля вынуждена была покинуть позицию, 16-го снова заняла свои позиции, а 17 июля должна была вновь освободить город.
В то время как русским удавалось задержать продвижение немцев вдоль побережья, немецкие части продвигались дальше с восточной стороны на север и 7 августа достигли берега Финского залива в районе Кунды. Таким образом, Эстония была отрезана от остальной территории Советского Союза.