Немецкие 16-я и 18-я армии в конце июля — начале августа 1941 г. подошли к озеру Ильмень. К концу августа, когда в этом районе продвижение немцев замедлилось, в их руках находились северный, западный и южный берега. Немецкая 16-я армия дошла до самого подножия Валдайской возвышенности и переправилась через реку Ловать и реку Пола. 18-я армия переправилась через Волхов и стояла восточнее Новгорода. У русских остался только восточный болотистый и часто затопляемый восточный берег озера, который они защищали с обычной стойкостью и храбростью.
Летом 1941 г. немцы передислоцировали в Устрику специальное сухопутное саперное подразделение из состава 16-й армии, располагавшее шестью моторными катерами. Команды этих катеров состояли из пяти человек, на вооружении находился один пулемет и стрелковое оружие. Катера начали патрулировать озеро. Ночью катера иногда сопровождали местные рыболовные суда, оставшиеся у немцев, до мест лова, находившихся в 20 километрах от берега, чтобы не дать возможности русским их захватить. Они часто пытались это сделать, так как и их рыболовные суда по ночам вели лов неподалеку. Однако до больших боев между «военно-морскими силами» противников в 1941 г. дело не доходило, и пойманная рыба была приятным добавлением к пайку солдат 225-й пехотной дивизии, охранявшей побережье.
Зимой 1941/42 г. по льду озера Ильмень русские энергично провели наступательную операцию с помощью пехоты и аэросаней. Им удалось вклиниться в левый фланг 16-й армии между Шимским и Старой Руссой. На основании активных действий русских в этом районе немцы предполагали, что предстоящим летом придется отражать наступление русских, и поэтому решили усилить имеющиеся в распоряжении средства для господства на озере Ильмень. До этого кораблей на озере не было, только русские рыболовные суда иногда высаживали разведгруппы в районах, занятых немцами, или пытались захватить немецкие патрульные суда.
В соответствии с известной тенденцией немцев во время Второй мировой войны, не одному только военно-морскому флоту пришлось участвовать в создании «Ильменской флотилии». В ее состав вошли также зенитные, саперные и морские части. Зенитно-артиллерийский дивизион, расположенный в Устрике, входивший в состав 16-й армии, поставлял орудия, а также основную массу личного состава. Саперы поставляли паромы Зибеля, на которых были смонтированы зенитные орудия, а военно-морской флот отдал новой флотилии, созданной обер-лейтенантом запаса сухопутных войск и переданной под его командование, несколько специалистов по машинному оборудованию и сигнальным установкам. Основным опорным пунктом и верфью стала Устрика, куда с большими трудностями из Таллина сухопутным путем было доставлено сначала 2 парома Зибеля, а затем, кажется, еще 2. Эти паромы были спущены на воду на реке Мшая с взорванного железнодорожного моста и в Устрике вооружены 88-мм зенитным орудием и двумя 20-мм «эрликонами». Наряду с этим немцы стали использовать 4 баржи-парома, сделанных из двух связанных между собой рыболовных катеров, из которых каждая была вооружена 88-мм зенитным орудием и приводилась в движение двумя саперными подвесными лодочными моторами. Помимо 6 моторных катеров уже упомянутого саперного соединения имелся еще штабной катер, с которого велось управление флотилией по радиотелеграфу. Общее число личного состава было около 300 человек. Немецкая флотилия летом и осенью 1942 г. прежде всего использовалась для обстрела различных позиций советских войск в дельте реки Ловать. Других возможностей проводить наступательные операции не было, после того как советские рыболовные суда были прогнаны из рыболовных районов. Высадки немцев на совсем пологом и болотистом восточном берегу также не обещали большого успеха. Прилегающая к берегу местность была непроходимой, и к тому же в районе волховского котла до Валдайской возвышенности военные действия со стороны немцев, начиная с лета 1941 г., носили только оборонительный характер. В штабе 18-й немецкой армии действия флотилии на озере Ильмень расхваливались, так как они очень беспокоили русских и таким образом приводили к отвлечению сил, облегчая тем самым задачу немецких частей на участке Ловать. Тем не менее высадка советских агентов и партизан на занятом берегу не могла быть полностью предотвращена даже летом 1942 г. Немцы вынуждены были держать крупные силы для обеспечения береговой обороны; так, например, в районе дельты реки Ловать — прибывший из тылового района полицейский охранный полк.