22 ноября 1944 г. венгерский тральщик «Хегиалья» подорвался на магнитной мине у Чаллокьёз-Араниос (5 убитых, 9 раненых.
—С 1 по 25 декабря 1944 г. венгерские корабли были подчинены командиру 92-й немецкой пехотной дивизии, стоявшей в обороне побережья Дуная в районе Будапешт — Вац. С переходом русских в дальнейшее наступление большей части кораблей флотилии удалось выйти из клещей советских войск, а 25 декабря корабли начали отход в Австрию. В самом Будапеште для обороны осажденного города осталось несколько тральщиков и моторных бронекатеров.
В Австрии венгерские сторожевые суда («Шопрон» и «Гьор» в Корнойбурге, «Кечкемет» и Линце, «Сегед» в Прессбурге), корабли типов АМ, РАМ и катера РМ продолжали вместе с немецкими кораблями отход на запад и впоследствии участвовали в обороне Вены. Боевой дух команд венгерских кораблей и боевой дух венгерских войск, действовавших в Австрии, оценивались немцами по-разному. Сторожевые венгерские корабли с сильной зенитной артиллерией всегда страдали от недостатка боеприпасов. В апреле в строю находились все венгерские корабли, и они неоднократно проводили обстрелы русских позиций на Дунае. Кабельное судно «Кшобанк» и тральщики «АМ 8» и «АМ 9» при отходе венгерской Дунайской флотилии отстали от других кораблей и сообщили об аварии двигателей. 8 мая 1945 г. они сдались наступавшим русским. Другие венгерские корабли («Кечкемет», «Сегед») участвовали в боевых действиях в самые последние дни в районе городов Корнойбург (7 мая) и Мельк (8 мая) и были интернированы американцами. Один только «Кечкемет» за период с ноября 1944-го по май 1945 г. при стрельбе по сухопутным целям израсходовал 1000 артиллерийских снарядов калибра 80 мм. «Сегед» сбил в Прессбурге один американский четырехмоторный бомбардировщик.
В связи с государственным переворотом в Венгрии, который произошел 15 октября 1944 г., и предложением адмирала Хорти о прекращении огня, мотобот «Шио», а также небольшое количество офицеров и команд поступили в распоряжение генерала Миклоса, перешедшего на сторону союзников.
Применение венгерской Дунайской флотилии происходило в рамках боевых действий, осуществляемых пятью штурмовыми и четырьмя минными батальонами. Венгерская Дунайская флотилия состояла из устаревших и плохо вооруженных судов по сравнению с кораблями других придунайских государств. Она успешно действовала во время обороны острова Чепель и понесла чувствительные потери от советских танков, имевших сильную артиллерию и хорошо маскировавшихся на берегу. Политическое напряжение внутри Венгрии оказало свое влияние на командование флотилии и часто вело к проведению мероприятий, которые определялись, главным образом, политическими целями.
Так, в октябре 1944 г. генерал-лейтенант Харди стал отводить один из двух (2-й и 3-й) минных батальонов, действовавших в качестве пехотных частей в составе 5-го венгерского армейского корпуса, не поставив об этом в известность соседние части. Русские стали продвигаться в этом направлении, и командующий венгерскими войсками, заметив брешь в линии фронта, тотчас же приказал возвратить минный батальон. Ему, однако, не удалось занять своих старых позиций в районе устья Тиссы, и он отступил под натиском русских до самого Дуная. Этот случай повел к осуждению военным судом командующего венгерской Дунайской флотилией генерал-лейтенанта Харди. Другой минный батальон (4-й) оборонял 400-км участок реки между Прессбургом и Паксом, занимаясь в том числе наблюдением за минной обстановкой и тралением мин.
Из четырех сформированных в 1943 г. минных батальонов 1-й и 4-й батальоны были развернуты на Дунае, 3-й батальон — на Тиссе, а 2-й находился в резерве. Каждый батальон располагал некоторым числом реквизированных буксиров и моторных лодок и должен был заниматься тралением мин.
Оценивая изложенное, можно сказать, что результат боевой деятельности различных флотилий на Дунае в значительной мере зависел от хода военных действий на суше и в воздухе. Ни одна из флотилий не могла изменить хода военных действий на суше. В такой же мере ничего не изменили и такие блестящие операции, как прорыв немецких сил через Железные Ворота, отступление «группы Циба» и десантные операции советской Дунайской флотилии в 1944–1945 гг.