После нападения немецких войск на Гогланд и постановки мин у Котки между Германией и Финляндией фактически начались военные действия и немецко-финские отношения ухудшились. 21 сентября последний немецкий конвой в составе 6 транспортов вышел из Кеми, разрушив там железнодорожные линии, молы и мосты. В последующие дни немцы взорвали также мосты через Кииминки и Либрюкен и тем самым прервали железнодорожную и шоссейную связь в направлении Кеми и Торнио. После того как в конце сентября в средней и северной Финляндии развернулись ожесточенные бои между сухопутными силами финнов и немцев, немецкие подводные лодки стали совершать нападения на транспорты снабжения и каботажные суда финнов.
Маршруты финских конвоев в направлении Оулу — Кеми — Торнио шли по внутреннему фарватеру через Улко — Крунни. Нападений подводных лодок здесь отмечено не было, хотя немцы сообщали о торпедировании одного грузового судна около Реиття. Несколько раз финны замечали немецкие подводные лодки, последний раз — 11 ноября 1944 г., но крупных событий не произошло. Так, канонерская лодка «Турунмаа» в начале декабря в сумерках наскочила на немецкую подводную лодку в Аландском море. Финская канонерская лодка начала атаку глубинными бомбами и вынудила противника уйти под воду. Не говоря о безрезультатном воздушном налете вечером 29 сентября на танкер «Микен», предназначенный для Советского Союза, это был единственный бой в Ботническом заливе.
Несколько более успешными были действия немецких подводных лодок в Финском заливе. В соответствии с условиями перемирия финны к концу сентября должны были предоставить союзникам (русским) для дальнейшего использования 100 моторных катеров и 100 торговых судов. Финнам все же удалось уменьшить эти требования наполовину.
30 сентября финское командование отдало этим судам приказ ко 2 октября сосредоточиться в Ханко. Гражданские команды судов отказались идти в Россию, и правительство было вынуждено отправить на них офицеров и команды ВМС, а также личный состав береговой артиллерии. 2, 3 и 4 октября суда отчалили, двигаясь различными группами, имея при себе провизию на 10 дней, взяв курс к эстонскому побережью. Там они предназначались для подвоза снабжения во время десантной операции на Моонзундские острова. Во время этих походов все финские суда, мало приспособленные для плавания по открытому морю, вышли из строя, были выброшены на берег, наскочили на что-либо или же получили повреждения силовой установки.
9 октября финский вооруженный буксир «764» эскортировал финское каботажное судно из Ханко в Осмуссар. Немецкая подводная лодка выпустила торпеду, прошедшую между двумя кораблями. Вслед за этим лодка всплыла и открыла орудийный огонь по обоим финским судам. Как только финский буксир ответил из своих 20-мм орудий, немецкая подводная лодка немедленно погрузилась.
Более успешными были действия немецких подводных лодок около Осмуссара, где 12–15 октября артиллерийским огнем были потоплены 3 финских каботажных судна[242]
. 24 октября немецкая подводная лодка торпедировала буксируемое из-за аварии руля каботажное судно «Линнеа» и повредила огнем орудий буксир «Пиккие»[243]. 28 октября финский пароход «Ригель» наскочил около Порккала на мину, поставленную подводной лодкой «U 242». 12 января 1945 г. в районе с координатами 59°42' с. ш., 23°07' в. д. затонул финский минный заградитель «Лоухи», но точно не установлено, наскочил ли он на мину. После перемирия во время траления погибли 3 финских катера-тральщика с командами общим числом 45 человек.Так как после выхода Финляндии из войны немецкие подводные лодки не могли действовать восточнее заграждений «Зееигель», то наблюдение за этими заграждениями было усилено четырьмя подводными лодками, а кроме того, 21 сентября и в октябре тремя лодками были поставлены новые заграждения под условным наименованием «Кукуксей I–III», чтобы закрыть проходы в заграждениях около Порккала.
Под давлением русских финны были вынуждены осенью 1944 г. поддерживать интенсивное, но недостаточно прикрытое движение судов по подвозу снабжения в Эстонию, а также в Ботническом заливе. Потери от немецких лодок были тем не менее незначительными.
После заключения финско-советского перемирия 20-я немецкая горная армия, по-видимому, намеревалась создать фронт от Ботнического залива до Северного Ледовитого океана и под его прикрытием перебросить войска и скопившиеся запасы на сократившийся фронт в Северной Норвегии.