В это время финские команды начали затапливать свои корабли. Деревянные суда были сожжены 24 июня 1944 г. в Лоисаари, корпуса моторных катеров после демонтажа моторов разбивались, а металлические корабли затапливались между Уусисельке и Луккосаари на глубине 21 метр путем открытия кингстонов и подрывов носовой части корпуса. Все материальные средства, не представлявшие необходимости для ведения боевых действий, финны из-за недостатка железнодорожных вагонов не смогли вывезти из Петрозаводска и затопили в портовой бухте. К 23 июня 1944 г. на плаву оставались только канонерская лодка «Контупохья», два буксира, один пассажирский пароход, несколько мотоботов, которые вывезли последних 25 человек с внешних островов. «VTV 1» по железной дороге был отправлен в Финляндию.
В 04.00 27 июня 1944 г. финны эвакуировали по озеру последнее прикрытие из Луккосаари, в 11.00 затопили последние корабли в порту Уусисельке и оставили Петрозаводск. Несколькими часами позже советская Онежская флотилия пришла в разрушенный порт города, чем и закончилась война на Онежском озере.
Оценивая действия сил на Онежском озере, можно сказать, что финнам, благодаря их организационным способностям и предприимчивости, удалось в 1943–1944 гг. без серьезных помех обеспечить перевозки и снабжать армию вдоль западного побережья озера. За время войны на Онежском озере ни советские корабли, ни финские воруженные буксиры и пароходы не провели каких-либо боев, заслуживающих внимания. При этом необходимо отметить, что финны имели, соответственно, только один военный корабль «VTV 1», а русские — 10–20 бронекатеров. Тем не менее и русские ограничились безрезультатными обстрелами побережья. Активно действовала и советская авиация, которая достигла некоторых успехов.
У финского военного руководства уже не было сил продолжать наступление за Онежское озеро в восточном направлении. В связи с этим отпала любая возможность овладеть всем берегом. Финская сторона ограничилась охранением своего берега и своих коммуникаций. Ограниченные средства финского военно-морского флота были задействованы в операциях в Финском заливе и Ладожском озере, поэтому для Онежского озера уже невозможно было найти боеспособных кораблей. Боеспособная финская Онежская флотилия при соответствующей авиационной поддержке смогла бы потопить практически все советские корабли и без оккупации всего побережья обеспечила бы себе полное господство на озере.
Особенно осложняло ведение боевых действий финнам то обстоятельство, что разграничительная линия между немецким и финским районами воздушной разведки проходила по меридиану 60 градусов 30 минут, делившему озеро практически пополам. К тому же финские летчики были сухопутными пилотами и не умели правильно идентифицировать вражеские корабли.
Благодаря хорошо развитой сети фарватеров самые ценные русские корабли могли уходить для зимовки на юг, за пределы досягаемости немецкой и финской авиации.
Канонерские лодки: «Кархумяки», колесный пароход, 3 75-мм орудия, быв. русский «Восток». Затоплен.
«Контупохья», колесный пароход, 2 75-мм орудия, быв. русский. Затоплен.
«Ильмари», 2-винтовой буксир, 1 45-мм пушка, 1 40-мм пушка, 1 — 20-мм пушка, быв. русский «Сенга». Затоплен.
Бронекатер «ВТВ-1», 1 76-мм пушка, 1 20-мм пушка, 4 пулемета, быв. русский. Вывезен.
Лоцманский катер «Аянинен», постройки 1942 г. 1 пулемет. Затоплен.
Траулер «Матти». Затоплен.
Пассажирский пароход «Янислинна», быв. русский «Роза Люксембург». Затоплен.
Пассажирский пароход «Сивари», быв. русский. Затоплен.
Пассажирский пароход «Сиикакоски», колесный пароход на Свири, 19 июня 1944 г. Затоплен.
Буксиры «Ниска», бывший русский «Шверник». Затоплен.
«Вяйно», 2-винтовой, быв. русский, «Пескарь». Затоплен.
«Эррки», быв. русский «Металлист». Затоплен.
«Урхо», быв. русский. Затоплен.
«Лаури», быв. русский. Затоплен.
«Калле», быв. русский. Затоплен.
«Вепся», построен на верфях Ниши, быв. русский. Затоплен.
«Сеппо», быв. русский. Затоплен.
«Кулмус», быв. русский. Затоплен.
«Лаппи»,? Затоплен.
«Халла 5»,? Затоплен.
«Пилпа 1»,? Затоплен.
«Виена», Затоплен.
«Аарно»,? Затоплен.
«Аннели», быв. русский. Затоплен.
«Аулис», быв. русский. Затоплен.
«ПМ-201»? Затоплен.
Кроме того, 8 траулеров, 2 лихтера с кранами, 8 900-тонных барж, 2 лихтера грузоподъемностью 300 тонн, около 60 моторных шлюпок, несколько лихтеров и барж, а также захваченный, но не использовавшийся советский торпедный катер «2». За исключением около 50 моторных шлюпок, это в основном захваченные советские суда или суда, захваченные на советских верфях. Моторная шлюпка «LA 102» и лихтер «Р 1063» были потоплены в результате воздушного налета.