Пришедший в Кронштадт линкор «Октябрьская революция» в течение 21 сентября подвергался еще нескольким массированным налетам, но его мощный зенитный огонь раз за разом заставлял фашистов сворачивать с боевого курса и сбрасывать бомбы куда попало. Стволы корабельных зенитных орудий раскалились, вся краска на них сгорела, и чтобы их остудить, краснофлотцы прикладывали к ним смоченные водой маты. Был сбит еще один немецкий самолет, а некоторые получили различные повреждения. Для пилотов люфтваффе этот день стал весьма напряженным. Например, командир эскадрильи 7./StG 2 пикирующих бомбардировщиков Ju 87, Эрнст Купфер, был дважды подбит в ходе налетов на корабли и едва дотягивал до своей территории, чтобы совершить вынужденную посадку.
22 сентября немецкие бомбардировщики трижды атаковали базу в Кронштадте, но безрезультатно. Зато на следующий день в районе базы разгорелось настоящее сражение, когда немцы бросили в бой все наличные силы своей авиации. За день немецкие самолеты выполнили шесть налетов на Кронштадт группами по 20–30 бомбардировщиков Ju 87 и Ju 88 в сопровождении истребителей Bf 109. Всего 23 сентября в налетах на Кронштадт приняли участие 270 самолетов люфтваффе. Они нанесли немалый урон кораблям Балтийского флота, скопившимся в гаванях и на рейдах базы. Особенно тяжелая ситуация сложилась на линкоре «Марат», стоявшем у стенки Средней гавани в ожидании ремонта повреждений, полученных в середине сентября во время стрельбы по войскам противника. Его атаковали 30–40 пикирующих бомбардировщиков Ju 87 из группы III/StG 2, которые сумели добиться всего лишь одного или двух попаданий, но они стали роковыми. 1000-кг фашистская бомба упала между первой башней и фок-мачтой, пробила палубу и разорвалась в районе погребов боезапаса.
Это вызвало детонацию полузарядов, и мощный взрыв почти полностью разорвал в этом месте корпус линкора. Вся его носовая часть до 20 шпангоута вместе с первой башней, боевой рубкой и фок-мачтой рухнула в воду. При этом погибло 326 человек, в том числе командир и комиссар «Марата». Сел позднее на грунт и весь корабль, однако над поверхностью воды остались часть борта и артиллерийские орудия, которые продолжали вести огонь. В течение дня зенитки «Марата» выпустили рекордное для него количество снарядов: 1002 76-мм, 528 37-мм и 6584 12,7-мм.
Три 50-кг бомбы нанесли смертельные повреждения лидеру «Минск». Одна из них угодила в кормовую надстройку, вторая разорвалась внутри корабля, а третья упала рядом с бортом в районе 3-го котельного отделения и взрывом разорвала бортовую обшивку и повредила котел. Часть корабельных отсеков заполнилась водой, и команда до вечера боролась за живучесть «Минска». Но, несмотря на все усилия, корабль в конце концов повалился на борт, оборвал швартовые и затонул на глубине 8,5 м.
Среди других советских кораблей новые повреждения получили линкор «Октябрьская революция» и эсминец «Грозящий», две бомбы попали в крейсер «Киров», затонули подводная лодка, транспорт и буксир. Потери люфтваффе в течение дня составили 12 самолетов.
После 23 сентября немецкие воздушные атаки Кронштадта пошли на убыль, а в октябре из-за переброски пикирующих бомбардировщиков Ju 87 на центральный участок Восточного фронта и вовсе сошли на нет.
Однако бомбардировки Ленинграда продолжались, хотя из-за значительных потерь в дневных акциях их перенесли на ночное время. С 1 октября по 24 ноября 1941 года немцы выполнили 32 налета ночью и только 5 днем. Это значительно осложнило ситуацию для истребителей ПВО Ленинграда — перехватывать удавалось лишь бомбардировщики, попавшие в лучи прожекторов. Теперь свыше 80 % немецких самолетов прорывалось к городу. Зачастую они действовали поодиночке с интервалом до 20 минут, растягивая таким образом налет на всю ночь. Например, 14 ноября налет продолжался с 18 часов вечера до 8 часов утра. Участвовало в нем всего 36 самолетов, сбросивших на город 165 фугасных и около 2300 зажигательных бомб. Все это очень изматывало население Ленинграда. В 7-м истребительном авиакорпусе в спешном порядке 26-й ИАП был преобразован в ночной. Один из пилотов этого полка В.А. Мациевич вспоминал: «В начале войны и мы и немцы обычно летали днем. Осенью, приблизившись к Ленинграду и встречая сильное противодействие дневных истребителей, немцы стали совершать налеты на город по ночам. 25 октября ночью мне удалось по разрывам бомб обнаружить Хейнкель-111, сблизиться с ним вплотную и сбить. Видимо, силой взрыва мою машину перевернуло, плоскости деформировались, и я с трудом выровнял самолет над Финским заливом и дотянул до аэродрома. Это был первый сбитый мною ночью бомбардировщик. Командование тогда же решило создать из опытных летчиков ночной полк. К нам пришли Севастьянов, Щербина, Алексеев и др.».