Действия советской авиации в июне осложнялись отсутствием координации, так как штаб ВВС фронта перебрался из Москвы в Винницу лишь в первые дни войны, и ему требовалось время, чтобы разобраться в обстановке. К тому же он был укомплектован на 60–70 % и не имел еще связи с большинством соединений. В должной мере наладить работу штаба удалось только к 1 июля. Несмотря на это советские истребители, защищая вверенные им объекты, довольно успешно вели борьбу с противником. Например, в период с 22 по 26 июня только экипажи 20-й и 21-й САД заявили о 71 уничтоженном на земле и в воздухе вражеском самолете при собственных потерях 23 машин. Свою первую воздушную победу одержал 23 июня летчик 55-го ИАП, будущий знаменитый ас, Александр Покрышкин. Во время разведывательного полета его пару атаковала пятерка Bf 109, и в коротком бою он сбил один истребитель. Однако, засмотревшись на горящий немецкий самолет, туг же был подбит сам и едва дотянул до аэродрома. На следующий день Покрышкин уничтожил еще один Bf 109, когда со своим звеном направлялся на штурмовку вражеского аэродрома в Яссах. В тот день атака аэродрома не состоялась, но вскоре Покрышкин принял участие в сопровождении СБ, которые нанесли по Яссам мощный бомбовый удар. Собственными силами летчики 55-го ИАП штурмовали группами на МиГ-3 аэродром Романы. Наиболее результативный воздушный бой полка состоялся в конце июня. Около 10 «мигов» перехватили девятку Ju 88, бомбивших железнодорожную станцию в Котовске, и сбили все до единого самолета. Первым атаковал «юнкерсы» с пикирования мл. лейтенант Яковлев. Он был убит пулей стрелка еще на подходе к цели, но его МиГ-3 врезался во флагманский бомбардировщик, и из-за этого немецкий строй сразу рассыпался. Одиночные самолеты уже не могли оказать сильного сопротивления, и наши летчики непрерывными атаками уничтожали их одного за другим. Последний Ju 88 упал на землю за рекой Прут.
Пытаясь вскрыть намерения противника, обе стороны вели интенсивную воздушную разведку. При выполнении разведывательного полета отличился 29 июня мл. лейтенант В.Г. Гаранин из 88-го ИАП. В районе Думени на румынской территории он заметил на земле одномоторный вражеский самолет на небольшой площадке, спикировал и зажег его пулеметной очередью. Затем полетел дальше и вскоре наткнулся на одиночный Не 111, державший курс на восток. Без всяких раздумий Гаранин атаковал бомбардировщик прямо в лоб и очень удачно. Прежде чем немецкий экипаж успел разобраться в ситуации, ему пришлось уже покидать горящий самолет с парашютами. Неплохо сражались и другие летчики 88-го ИАП: к концу месяца за полком числилось около 20 воздушных побед.
Кроме оборонительных, командование Южного фронта во главе с генералом И.В. Тюленевым предпринимало и военные операции наступательного характера. Советские диверсионные группы также неоднократно форсировали Прут, а 26 июня корабли Дунайской флотилии высадили на румынской территории целый стрелковый полк, захвативший плацдарм протяженностью до 70 км. Отряд легких кораблей Черноморского флота обстрелял с моря порт Констанцу. Не прекращались и воздушные налеты на этот порт, однако проводились они без предварительной разведки, и к тому же бомбардировщики действовали шаблонно, заходя на цель с одного направления (с моря). Учитывая отсутствие истребительного сопровождения, это быстро привело к значительным потерям среди советских самолетов.
Очередной налет на Констанцу состоялся ранним утром 24 июня, и в нем приняли участие 14 ДБ-ЗФ из 2-го МТАП и 18 СБ из 40-го СБАП. Бомбардировщики атаковали корабли, береговые постройки порта и аэродром, где базировались немецкие истребители из группы III/JG 52. На стоянке был потоплен один транспорт, подожжено нефтехранилище на берегу, а на аэродроме уничтожено три Bf 109F. Тем не менее большинство «мессершмиттов» уже успели взлететь, и в небе разгорелся воздушный бой, закончившийся в пользу немецких летчиков.
«Когда русские заметили нас, — вспоминал командир эскадрильи 8./JG 52, Гюнтер Ралль, — а мы находились внизу и как раз набирали высоту, — они начали поворачивать обратно, а некоторые даже принялись сбрасывать свои бомбы. Бомбардировщики были окрашены в серебристый или белый цвет. Началось преследование. Мы атаковали сзади снизу и поразили много вражеских самолетов. Я поймал в прицел правый двигатель одного из бомбардировщиков и нажал на гашетку. Самолет охватило пламя, и он стал падать, входя в штопор. Мы продолжали атаки до тех пор, пока в баках оставалось горючее, и лишь затем развернулись на базу. В общем, так как у русских не было истребительного прикрытия, мы разделались с ними сравнительно легко».