В «демократической» России после отделения «свободных» республик и вывода войск из стран уже не социалистического лагеря осталось восемь военных округов с соответствующим количеством армий и корпусов. Часть отдельных рот специального назначения принимала участие в первой чеченской войне, где использовались как войсковая разведка, как охрана колонн и драгоценных тел командования — в общем, как всегда, по «специальному назначению». По штатам военного времени были развернуты все роты, находящиеся в подчинении Северо-Кавказского военного округа, а также две роты Московского военного округа, одна из которых, 806-я, была сформирована буквально накануне Чеченской кампании в составе 1-й гвардейской танковой армии, выведенной из Германии в Смоленск. Кроме того, в составе 205-й мотострелковой бригады к лету 1996 года была сформирована новая, 584-я отдельная рота специального назначения. По завершении этой войны последовало очередное сокращение Российской армии, и в том числе ее разведывательных органов. С целью сохранения крупных спецназовских формирований ГРУ пошло на допустимые жертвы — отдало на «съедение» отдельные роты специального назначения. К исходу 1998 года отдельные роты специального назначения (за исключением двух рот, находящихся на особых направлениях: 75-й в подчинении Калининградского оборонительного района и 584-й, к этому времени переданной в подчинение штаба 58-й общевойсковой армии) в структуре Вооруженных сил России перестали существовать.
Позже, уже в период Второй чеченской войны, в Северо-Кавказском военном округе для действий на территории Чечни пришлось сформировать шесть безномерных рот специального назначения (три роты в составе 131-й, 136-й, 205-й омсбр и три роты в разведывательных батальонах 19-й, 20-й и 42-й мсд). Эти роты по планам боевой подготовки частей специального назначения выполняли положенное количество прыжков с парашютом на аэродромах округа.
В 1957 году руководство Вооруженных Сил СССР приняло решение переформировать пять рот специального назначения в батальоны. К концу года в составе ВС СССР значилось пять батальонов специального назначения и четыре отдельные роты специального назначения:
26-й отдельный батальон специального назначения ГСВГ (г. Фюрстенберг);
27-й отдельный батальон специального назначения СГВ (г. Стшегом);
36-й отдельный батальон специального назначения ПрикВО (г. Хмельницкий);
43-й отдельный батальон специального назначения ЗакВО (г. Лагодехи);
61-й отдельный батальон специального назначения ТуркВО (г. Казанджик);
18-я отдельная рота специального назначения 36-я ОА ЗабВО (г. Борзя);
75-я отдельная рота специального назначения ЮГВ (г. Ньиредьхаза);
77-я отдельная рота специального назначения 8-я ТА ПрикВО (г. Житомир);
78-я отдельная рота специального назначения ОдВО (г. Симферополь).
При этом были расформированы две роты, личный состав которых пошел на укомплектование новых батальонов. К примеру, 92-я отдельная рота специального назначения 25-й армии Дальневосточного военного округа была погружена в срочном порядке на эшелон и направлена в Польшу — на базе этой роты (и 27-й роты Северной Группы войск) в СГВ был сформирован 27-й отдельный батальон специального назначения.
Перевод подразделений специального назначения на батальонную структуру позволил оптимизировать учебный процесс, освободив значительную часть личного состава от несения гарнизонной и караульной службы. Три батальона были сосредоточены на западном (европейском) направлении, один находился на Кавказе и еще один — в Средней Азии. Три роты имелись на западном направлении, и только одна рота специального назначения в то время имелась у нас на восточном направлении в составе 36-й армии Забайкальского военного округа.
Впоследствии, после создания бригад, батальоны специального назначения стали именоваться «отрядами», и организационно они все входили в состав бригад. Начиная с 60-х годов батальоны, как самостоятельные боевые единицы, не существовали, если не считать отдельных отрядов бригад, которые могли быть выделены из состава соединения для действий на отдельных операционных направлениях, но в мирное время продолжали оставаться в бригадах.
Опыт проведения боевой подготовки и различных учений показал необходимость создания в системе ГРУ соединений значительно крупнее существующих отдельных батальонов, которые смогли бы решать расширенный круг задач.
В частности, соединения специального назначения должны были в угрожаемый период заняться не только разведкой и диверсиями в тылу противника, но и формированием партизанских отрядов на оккупированной территории (или на территории, которая могла быть оккупирована). В дальнейшем, опираясь на эти партизанские формирования, спецназ и должен был решать свои задачи. Именно партизанская направленность и была приоритетной боевой задачей создаваемых соединений.