Ju.52/3m-g3e снискал известность на полях гражданской войны в Испании — уже через неделю после начала мятежа 20 таких машин были перегнаны в Севилью как гражданские, после чего использовались для переброски из Африки марокканских стрелков основной опоры мятежников в первые недели войны. Всего с 20 июля по конец августа 1936 года они совершили 460 рейсов, доставив в Испанию 7350 человек пехоты, артиллерийские орудия и пулеметы. За сентябрь машины совершили 324 рейса, перевезя еще 5455 солдат, за октябрь — 83 рейса и 1157 человек. Далее машина широко использовалась в качестве бомбардировщика, как в войсках «националистов», так и в составе немецкого «Легиона Кондор». В апреле 1937 года эти машины снискали себе сомнительную славу, приняв участие в уничтожении Герники и Дуранго (в налете на Гернику участвовало 23 самолета Ju.52).
Тем временем в 1937 году Германия приступила к созданию воздушно-десантных войск, основой самолетного парка которых должны была стать группа IV/KG.152 «Гинденбург», состоявшая из 39 Ju.52 (с 1 апреля 1938 года «Боевая группа специального назначения» K.Gr.z.b.V.1). Первой операцией германских ВДВ стала высадка на аэродроме Грац-Талерхов 13 апреля 1938 года во время аншлюсса Австрии одного батальона 7-й воздушно-десантной дивизии. 1 августа 1938 года была создана и вторая группа — K.Gr.z.b.V.2. Каждая группа состояла из четырех эскадрилий по 12 самолетов и штаба из 5 машин. Летом 1939 г были созданы еще две аналогичные транспортные группы, все вместе они составили 1-ю транспортную эскадру KG.z.b.V.l. Но уже в конце августа 1939 года из ее персонала был сформирован штаб 2-й транспортной эскадры — KG.z.b.V.2, а также специальная группа для перевозки тяжелой техники — K.Gr.z.b.V.9. Чуть позже на базе мобилизованных из «Люфтганзы» машин и персонала была сформирована еще одна транспортная эскадра — KG.z.b.V.172.
С 1932 по 1939 год было построено не менее 1600 самолетов Ju.52 в боевом и гражданском вариантах, однако значительная часть гражданских машин была продана за рубеж. Поэтому к 1 сентября 1939 года в составе «Люфтваффе» числилось только 552 самолетов Ju.52 (включая 59, забранных из «Люфтганзы»). Во время Польской кампании эти машины почти не использовались (боевые потери составили 12 Ju.52), зато они широко применялись во время операции «Везерюбунг» — захвата Норвегии в апреле-мае 1940 года.
Всего к началу этой операции «Люфтваффе» имели 571 машину Ju.52. В первой волне высадки 9 апреля было задействовано 10 авиатранспортных групп и четыре эскадрильи, которые несли батальон и две роты парашютистов, один посадочно-десантный батальон и три батальона пехоты. Дополнительно самолеты несли шесть рот персонала аэродромного обслуживания, штаб авиационных сил, штаб пехотного полка и более 168 т горючего. За всю Норвежскую кампанию группы с Ju.52 совершили 3018 вылетов, перевезя 29 280 человек, 1177 т горючего, 2376 т грузов.
В мае транспортные «Юнкерсы» приняли участие во вторжении в Бельгию и Голландию, в ходе которого потери в транспортных самолетах оказались весьма велики и достигли 40 %. Было разбито или уничтожено 162 Ju.52, правда, 53 из них удалось отремонтировать, а еще 47 разобрали на запчасти. Всего с апреля по конец июня 1940 года потери транспортных самолетов составили 242 машины (в основном это были Ju.52), но за то же время был произведен 401 транспортный самолет.
В декабре 1940 года немецкие Ju.52 использовались для снабжения итальянских войск, терпевших поражения в Албании. В апреле-мае следующего года они применялись в Греческой кампании, кульминацией которой стала высадка на Крит (отложенная до 20 мая из-за нехватки топлива на греческих аэродромах). В ходе Критской операции был потерян 271 самолет Ju.52, то есть более половины всех задействованных транспортных машин.