Войскам были поставлены следующие частные задачи: 8-й авиационный корпус должен был провести предварительную обработку острова с воздуха и оказать поддержку при высадке десантов. Парашютные, посадочно-десантные и горно-егерские части под командованием генерала Штудента должны были захватить остров штурмом. Для этого сюда стягивались военно-транспортные части 11-го авиационного корпуса под командованием генерал-майора Конрада. Адмирал Шустер должен был по мере возможности поддерживать операцию действиями на море, используя находившиеся в его распоряжении небольшие силы флота.
Район, который предусматривался для сбора и развертывания сил, был к тому времени в основном еще занят противником, и им необходимо было овладеть в первую очередь.
Особую проблему составляла организация снабжения предстоящего десанта. Время не ждало, и квартирмейстер подполковник Зейбт (позднее он стал генералом) вместе со своими людьми должен был решить небывалые по трудности задачи. К началу подготовительного периода — 22 апреля — то есть еще до выброски десанта в Коринфе, они даже не знали, можно ли будет использовать для операции на Крите те запасы снабжения, которые находились на складах в районе Пловдива. Большая часть предметов материально-технического обеспечения парашютистов предназначалась для операции «Зеелёве» и была сосредоточена в районе Лаона в Северной Франции. Десантные контейнеры и различные материалы находились в авиационном парке Гардслеген под Магдебургом, а боеприпасы — на складах одного из военных заводов в Северной Германии. К этому прибавлялось еще и то обстоятельство, что большинство железнодорожных линий в Югославии было разрушено в ходе боевых действий, и потому проблема переброски войск сильно осложнялась. Помимо всего прочего, уже началось развертывание сил для осуществления плана «Барбаросса», то есть для нападения на Советский Союз. По этой причине предметы материально-технического снабжения, поступавшие из Франции и Германии, направлялись сначала в румынский порт Констанцу, а уже оттуда после перегрузки на транспортные суда доставлялись через Дарданеллы в греческий порт Пирей.
Немецкое верховное командование рассчитывало, что бои на Крите продлятся не более 10 дней. Исходя из этого, был проведен и расчет всех потребностей в предметах снабжения. Можно было, конечно, рассчитывать на то, что продовольственные запасы будут пополнены за счет трофеев на Крите и что во время боевых действий не нужно будет организовывать их подвоз, но вместе с тем, по имеющимся в распоряжении немецкого командования данным, было известно, что, например, положение с питьевой водой на Крите было крайне неблагоприятным. Поэтому все части при переброске и десантировании снабжались ранцевыми фильтрами и, кроме того, был запланирован подвоз значительного количества минеральной воды. Заводы минеральной воды в Афинах и Пирее поставляли для этого ежедневно 25 тыс. бутылок воды.
Исключительно важное значение приобретала своевременная заготовка достаточного количества горючего для самолетов. Расстояние между Аттикой и Критом равно примерно 350 км; следовательно, полет туда и обратно составляет около 700 км. С некоторым запасом горючего на сбор и построение в боевые порядки, а также для маневрирования при выброске парашютистов на каждый боевой вылет одного самолета требовалось 2 тыс. литров горючего, а на каждый боевой вылет одной авиагруппы — 110 тыс. литров. Таким образом, для десяти имеющихся в распоряжении транспортных авиагрупп на десять боевых вылетов нужно было иметь запас около 10 млн. литров бензина. Оперативный отдел штаба корпуса требовал, чтобы в первые дни операции на аэродромах постоянно находился запас горючего для самолетов в количестве, достаточном для двух-трех боевых вылетов. Генерал-квартирмейстер германских военно-воздушных сил обещал, что к 16 мая прибудет пароход с 8 тыс. бочек бензина (1,6 млн. л) и к 17 мая — танкер с 12 млн. литров горючего. Разумеется, этим проблема полностью не разрешалась. Вот что по этому поводу говорит, например, генерал Зейбт[69]: