Но начальник ГУГШ, генерал В.В. Марушевский отказался работать на большевиков. Тогда ГУГШ возглавил генерал-квартирмейстер Николай Михайлович Потапов. Вывший военный атташе в Черногории, опытнейший разведчик царской армии, он пользовался большим авторитетом в ГУГШ, и его решение повлияло на выбор многих из ею коллег. По некоторым данным, Потапов сотрудничал с военной организацией большевиков еще с июля 1917 года. Впоследствии его судьба сложится удачно, он продолжит работу в Генштабе Красной Армии, будет одной из ключевых фигур операции «Трест». Репрессии не коснутся ею — он будет уволен 9 мая 1938 года в запас по возрасту и умрет в почете в 1946 году.
Большинство российских военных атташе не пожелали сотрудничать с Советской властью. Назначенные вместо них опытные сотрудники ГУГШ, воспользовавшись возможностью выехать за границу, вскоре изменили Советской власти.
В течение 1918–1920 годов органы военной разведки пережили множество реорганизаций и смен руководителей. Теоретически они должны были вести и зарубежную, стратегическую разведку, но не имели для этого ни агентурных, ни материальных средств. И все же к 1 сентября 1918 года разведка Оперода Наркомвоена) имела 34 агентов-резидентов, одну агентурную группу в составе шести агентов и двух агентов-маршрутников. Большинство из них работало в городах, оккупированных германскими войсками.
5 ноября 1918 года при Полевом штабе Реввоенсовета Республики было сформировано Регистрационное управление (Региструпр), которое стало первым центральным органом военной агентурной разведки Красной Армии и первым центральным органом военной контрразведки, Нынешнее Главное разведывательное управление (ГРУ) Генштаба является преемником и прямым наследником Региструцра. Поэтому 5 ноября считается днем рождения советской (а теперь и российской) военной разведки.
Гражданская война завершилась. Пребывание на фронтах этой войны обогатило Сталина опытом, который он использовал позднее. Он побывал на всех важнейших фронтах, посетил основные районы страны. Установил личные контакты с местными и партийными руководителями. Им, в большинстве своем выходцам из «простого народа», импонировала кажущаяся простота Сталина, его непосредственность, стиль руководства. Как будущий руководитель партийного аппарата он увидел на местах людей молодых, не входивших в состав старой ленинской гвардии, на которых он сможет опереться в дальнейшем. Этим он выгодно отличался от Троцкого, Зиновьева, Каменева и многих других тогдашних руководителей.
Обществу, жившему в условиях Гражданской войны и «военного коммунизма», неизбежно соответствовал военный образ мышления, командный стиль, принципы единоначалия, решения вопросов административным путем, стремление к централизации власти. Все это совпадало с духом Сталина, стилем его работы, методом решения трудноразрешимых задач. Сама обстановка способствовала тому, чтобы Сталин стал таким, каким он стал. Он был словно рожден для исполнения административно-командных функций. Он приступил к строительству новой партии и нового государства, еще не обретя полной власти. И вполне естественно, что руководство органами защиты этой партии и этого государства — прежде всего разведкой и контрразведкой — он не мог упускать из-под своего влияния.
После окончания Гражданской войны Региструпр был преобразован в Разведывательное управление Штаба РККА, а в сентябре 1926 года превратился в IV Управление.
Работа военной разведки проходила при постоянном соперничестве с ВЧК-01 II У. Дело в том, что Дзержинский, за спиной которого стоял Сталин, стремился подмять под себя военную разведку, которая в конечном счете подчинялась Троцкому. В ноябре 1920 года Сталин и Дзержинский добились принятия постановления Совета Труда и Обороны за подписью Ленина, согласно которому Региструпр помимо РВСР подчинялся и ВЧК на правах ее отдела. Начальник Региструпра входил в Коллегию ВЧК с правом решающего голоса. Назначение начальника Региструпра должно было производиться по согласованию с РВСР и ВЧК.
Однако проведение в жизнь этого постановления встретило сильное сопротивление со стороны военных Оно и явилось одной из причин того, что 20 декабря 1920 года был создан собственный отдел агентурной внешней разведки ВЧК — Иностранный отдел (ИНО). При этом начальник Региструпра, а потом и Разведывательного управления оставался членом Коллегии ВЧК и по-прежнему назначался по согласованию с ВЧК, что в дальнейшем привело к объединению зарубежных агентурных сетей, назначению единых резидентов и их двойному подчинению.
К концу 1920 года объединенные резидентуры уже были созданы в Германии, Франции, Италии, Австрии, Сербин, Болгарин, Чехословакии.
Началась неразбериха в руководстве, использовании агентуры, распоряжении финансовыми средствами, путница с отчетностью. Поступающие из центра директивы противоречили друг другу, объединенные резиденты переписывались с обоими Центрами и выбирали из поступающих указаний те, которые им было легче или выгоднее выполнять.