Ряд головоногих возникли в раннем кембрии. Уже в ордовике наутилоидеи обитали преимущественно на дне, в мелководных частях неритовой зоны. Первые формы наутилоидеи имели сильно сплющенную раковину и, по-видимому, ползали по морскому дну. В течение всего ордовика фауна наутилоидеи состояла преимущественно из форм с прямой раковиной. В то же время спирально свернутые раковины составляли примерно 15% всех головоногих. Но в дальнейшем соотношения резко меняются. В девоне наряду с прямыми и слабо изогнутыми формами существовало много спирально свернутых. Далее, в позднем палеозое, наутилоидеи с прямой раковиной становится значительно меньше, возрастает же число видов со спиральной раковиной. Спиральная раковина, гораздо более компактная и менее громоздкая, чем прямая, оказалась более удобной для свободного движения животного. Наутилоидеи со спирально скрученной раковиной быстро эволюционируют, приспосабливаясь к активному плаванию. Но плавали они относительно мало, невысоко над дном, на которое они могли опускаться из любого положения. Разнообразные и богатые формами раннепалеозойские наутилоидеи начинают постепенно вырождаться в девонский период, а с наступлением раннего карбона начинается их вымирание.
В силурийский период от спирально свернутых наутилоидеи происходят аммониты, а в девоне близкие к ним формы — гониатиты составляют уже большую группу морских организмов. Они более подвижны, чем их предки наутилоидеи. В течение девона, карбона, перми и всего мезозоя эволюционируют различные группы аммонитов. Их господство продолжалось до позднего мела и закончилось образованием гигантских форм, найденных в верхнемеловых отложениях. Так, один из верхнемеловых аммонитов в Вестфалии (ФРГ) достигал в диаметре 2,5 м. Аммониты существовали с начала девона до конца мела, и за это время сменилось около 1500 видов.
В палеогене произошло быстрое вымирание белемнитов. Причина этого еще недостаточно выяснена. Согласно наиболее распространенной точке зрения, массовое вымирание обширных групп головоногих моллюсков было связано с появлением в морях новых активных и высокоорганизованных противников. Ими могли быть костистые рыбы, обильно расплодившиеся в середине мелового периода, и морские млекопитающие — китообразные, которые заняли место морских рептилий мезозоя. В связи с появлением этих хищников исчезли не только аммониты, но и белемниты. Обе группы головоногих моллюсков, которые были подвижными в условиях мезозойских морей, оказались неуклюжими и неповоротливыми по сравнению с новыми хищниками. Поэтому в борьбе за существование уцелели самые сильные и самые проворные головоногие моллюски — типа осьминогов и кальмаров с сильно редуцированным известковым скелетом.
Изменения в строении раковин аммонитов, которые произошли на заключительных этапах их истории, позволяют предполагать, что в то время им пришлось вести борьбу с более подвижными хищниками, способными дробить раковины. Эту войну аммониты в конце концов проиграли.
Однако массовое вымирание аммонитов в конце мезозойской эры могло быть вызвано и другими факторами. Некоторые исследователи полагают, что вытеснение аммонитов костистыми рыбами не могло быть главной причиной их вымирания, поскольку аммонитами питались многочисленные хищные морские рептилии, в том числе гигантские мезозавры, ихтиозавры, плезиозавры и морские крокодилы. Однако при этом медлительные наутилоидеи выжили, а аммониты погибли. По мнению американского ученого К. Несиса, исчезновение подавляющего большинства известковых планктонных организмов было крупнейшим событием в мезозое. В результате погибли и гетеротрофные аммониты, которые ими питались.
Таким образом, общей причиной вымирания аммонитов была конкурентная борьба с костистыми рыбами, а конкретным поводом — внезапное вырождение известкового планктона — фораминифер и кокколитофорид. Но что было причиной внезапного исчезновения известкового планктона, неизвестно.
Остальные классы моллюсков — брюхоногие и двустворчатые — дожили до современной эпохи и дали большое разнообразие жизненных форм, в том числе обитающих в пресных водах. Самым распространенным оказался класс брюхоногих моллюсков с огромным количеством и ныне существующих видов. Представители класса брюхоногих моллюсков живут в морях, в солоноватых и пресноводных бассейнах, в реках и озерах, а отдельная группа их вышла на сушу и приснособилась к новому образу жизни. Множество ископаемых брюхоногих моллюсков найдено в отложениях фанерозоя, но максимального обилия и разнообразия они достигли в кайнозое.