По теории, в задачу инквизиции не входило налагать наказания; миссия ее была в том, чтобы спасти души заблудших, направить их на путь спасения и наложить епитимии на тех, кто вступал на этот путь, подобно тому как делал это исповедник в отношении своих духовных детей. Ее приговоры — так мыслилось церковью — имели в виду лишь благо заблудших душ, очищение или искупление их от грехов. Когда инквизиция приговаривала к пожизненной тюрьме, формально это было простое повеление виновному предать себя тюремному заключению и посадить себя на хлеб и воду; затем ему объявляли, что он не должен выходить из тюрьмы под страхом отлучения от церкви и признания его клятвопреступником и нераскаявшимся еретиком. Если ему удавалось бежать, то в объявлении об этом он выставлялся безумцем, отвергшим спасительное лекарство.
Инквизитор никогда не приговаривал к смертной казни, но просто лишал покровительства церкви закоренелого и нераскаявшегося грешника или рецидивиста. За исключением Италии нигде более сам инквизитор никогда не подвергал конфискации имущество еретика, но лишь констатировал наличие преступления, которое по светским законам лишало виновного права владеть собственностью. Инквизитор мог наложить в виде епитимии штраф, причем взысканные деньги следовало обратить на добрые дела. Он судил грехи и предписывал духовные врачевания, следуя внушению Евангелия, которое всегда лежало раскрытым перед ним. Инквизитор не был связан никакими законами и правилами, вызванные на его суд оказывались в его полном распоряжении. Он мало обращал внимания на человеческие страдания. А тот, кто сопротивлялся инквизиции, даже если ему удавалось отвести все подозрения, обвинялся в непослушании и в конце концов часто объявлялся недостойным снисхождения.
Юридические права инквизиции распространялись не только на еретиков, добровольно отступивших от догматов церкви. Все, кто давал еретикам пристанище, милостыню или покровительство, кто не доносил на них властям или просто не задерживал их, — все эти люди, как бы ни была известна их преданность католицизму, навлекали на себя подозрение в ереси, очиститься от которого они уже не могли никогда. Инквизиторы считали, что еретик может освободиться от ада, если он раскается, исповедует свои грехи священнику и получит от него отпущение грехов. Но отпущение грехов не освобождало от земного наказания.
Епитимии, обычно налагаемые инквизицией, не были очень разнообразны: чтение молитв, посещение храмов, строгое исполнение обрядов, посты, паломничество по святым местам, пожертвования на благотворительность. Были среди них и епитимии унизительные — наиболее позорным считалось предписание носить желтые кресты на одежде. Санбенито — одеяние еретика позднейшей испанской инквизиции — происходит от наплечника с крестами шафранового цвета, который надевали на осужденных, когда в праздники их выставляли у дверей церкви, чтобы своим унизительным видом они предостерегали народ от непослушания инквизиции.
Самое суровое наказание, исходившее от инквизиции, было тюремное заключение. Конфискация же была побочным наказанием и зависела, как и костер, от светских властей. Соборы в Нарбонне и Безье в начале XIII века предписывали временное или пожизненное изгнание еретика из страны, но эта мера наказания применялась редко, она упоминается лишь в приговорах, относящихся ко времени, когда инквизиция только разворачивала свою деятельность.