Батавия никогда не оказывала регулярной поддержки форту, и через 20 лет заселение острова было приостановлено. К тому времени поселенцы разграбили первобытные леса, вырубив деревья до такой степени, что уже в 1650 г. цена на чёрное дерево в Европе резко упала. На Маврикии, который на тот момент был ведущим мировым поставщиком чёрного дерева, было законодательно запрещено рубить более 400 деревьев в год. Тем временем культурные растения, которые сажали поселенцы, не принесли плодов — впрочем, та же проблема была и у самих поселенцев, потому что, по какой-то потрясающей оплошности, в колонию оказалось завезено очень мало женщин.
Вторую попытку голландцы сделали в 1664 г., послав экспедицию с мыса Доброй Надежды, где за 12 лет до этого они основали колонию. На сей раз в неё было включено соответствующее количество проституток. Но даже после этого мудрого и предусмотрительного шага новое поселение явно не процветало: к концу семнадцатого века на острове было только 300 человек, включая рабов, а мужчины вдвое превосходили числом женщин.
В 1669 г. коммандант Фредрик Вриид, который продемонстрировал задатки лидера во время военных действий на мысе Доброй Надежды, прибыл на Маврикий, чтобы взять дела в свои руки. Но вскоре после приезда состояние его здоровья ухудшилось, он стал угрюмым, жестоким и резким в обращении с поселенцами. В 1672 г. его настолько возненавидели, что подчинённые утопили его. Его преемником был перевоспитанный пират по имени Гуго, который в своём новом качестве оказался неспособным поддерживать дисциплину среди поселенцев. Его сменил диктатор по имени Ламотиус, который сумел проделать немного полезной работы, но в итоге стал настолько жестоким, что в 1692 г. его отозвали.
В конце концов, приехал Роэлоф Диодати, который управлял островом до 1703 г. и оказался эффективным управляющим, но колония Мыса не смогла оказать Маврикию должного внимания, и полчища быстро плодящихся крыс продолжали пожирать урожай. Голландцы вновь сдались и покинули Маврикий, оставив после себя сахарный тростник и оленя замбара — оба этих вида ввезли с Явы. Часть ранее завезённого скота одичала. Обезьяны и свиньи стали вредителями наряду с крысами. Эти события стёрли в прах всё, кроме нескольких остаточных островков первоначальной природной среды. Среди тех, кто выжил, додо не оказалось.
Бенджамина Гарри, англичанина, который посетил Маврикий в 1681 г. в должности первого помощника на британском судне, называют последним человеком, который видел живого маврикийского додо и оставил запись об этом. В рукописи, ныне хранящейся в Британском музее, озаглавленной «A coppey of Mr. Benj. Harry’s Journal when he was cheif mate of the Shippe Birkley Castle, Captn. Wm. Talbot then Commander, on a voyage to the Coste and Bay, 1679, which voyage they wintered at the Maurrisshes», автор подробно рассказывает о том, что во время обратного плавания из Индии его судно не смогло обогнуть мыс Доброй Надежды, и было принято решение «идти к Маврикию».{38}
Описывая эту высадку на Маврикии, Гарри делает обзор острова и отчасти его флоры и фауны, в том числе додо. После этого краткого упоминания все свидетельства умалчивают о нём. Исследователь за исследователем, вооружившись старинными описаниями и расплывчатыми устными сообщениями, разыскивал самого странного обитателя острова. Но больше никто и никогда не сообщал о том, что наблюдал додо в гибнущих лесах Маврикия.Любопытство этих визитёров подпитывала известность, которая окружала додо к тому моменту, когда их привезли в Европу. К концу семнадцатого века примерно 14 дронтов довезли до Европы живыми: одного в Геную, одного в Германию, одного в Антверпен, двух в Англию и пять самцов и четырёх самок в Голландию. Ни один из них не прожил достаточно долго. Похоже, никто не задумывался о том, чтобы свести самца и самку в неволе (и если бы кто-нибудь и поставил такой эксперимент, он легко мог закончиться неудачно); во всяком случае, ни одна из привезённых птиц не оставила потомства. К концу семнадцатого века птица стала настолько знаменитой, что существовало 78 различных слов европейского происхождения, относящихся к ней — dodo, doudo, totarsen, dronte, oiseau de la nausee, walickwogel, dodo-aarsen, dodaers, dodeersen, geant…. К тому времени, конечно, слова относились к птице, которой больше не существовало.