Как вспоминал Н.А. Белоголовый, «…зимой 1872 г. его (Боткина. —
Почести не заставили себя ждать. 10/22 мая 1875 г. министр Императорского двора уведомил из Эмса господина управляющего Придворной медицинской частью о том, что «Указом в 10 день сего мая почётный лейб-медик Двора Его Императорского Величества ординарный профессор Императорской Медико-хирургической академии совещательный член Медицинского совета Министерства внутренних дел и Военно-медицинского учёного комитета действительный статский советник доктор медицины Боткин Всемилостивейше пожалован в лейб-медики Двора Его Императорского Величества с назначением состоять при Её Императорском Величестве Государыне Императрице и с оставлением при занимаемых им ныне должностях, а сверхштатный младший медицинский чиновник медицинского департамента министерства внутренних дел коллежский асессор Головин назначен почётным лейб-медиком Двора Его Императорского Величества с поручением состоять помощником при лейб-медике действительном статском советнике Боткине» (РГИА, фонд 479, оп. 1, ед. хр. 1856, лл. 456–456 об.).
Пожалование звания лейб-медика влекло за собой и материальные преимущества. 18 мая 1875 г. «Государь император Высочайше повелеть соизволил назначить лейб-медику действительному статскому советнику Боткину жалования по штату 1430 р., столовых и квартирных денег в размере, получаемом ныне лейб-медиком Гартманом, т.е. 2860 р., а всего 4290 р. Почётному лейб-медику Головину в виде вознаграждения ежегодно выплачивать 2500 р.» (там же, лл. 458–458 об.).
За успехи в лечении императрицы 22 июня 1878 г. Боткину было назначено «добавочное, сверх получаемого содержания 2754 р., а почётному лейб-медику Головину по 1000 р.» (РГИА, фонд 479, оп. 1, ед. хр. 2001, л. 499).
Во время Русско-турецкой войны 1877–1878 гг. С.П. Боткин пробыл около 7 месяцев на балканском фронте в качестве лейб-медика при царской ставке. Главной его задачей было наблюдение за здоровьем императора, которое, по правде говоря, было не слишком крепким. Как писал Боткин в своих письмах к жене государя, «почти на всех стоянках была какая-нибудь болезнь: в Плоэшти — лихорадка с катаром бронх; в Белой — эпидемический катар желудка и кишок; здесь (в Горном Студне. —
Н.А. Белоголовый вспоминал: «Передвигаясь с императорской квартирой с места на место, везде он постоянно ходил по военным госпиталям и лазаретам, помогал советами и снова пережил ощущение душевной муки и часто бессильного желания облегчить тяжёлое положение больных и раненых, сугубо страдавших от неурядицы военного времени и от неудовлетворительной организации военно-санитарной части, то есть пережил всё то, что ему пришлось пережить в Крымскую войну в Симферополе». Описывая посещения императором госпиталей, Боткин писал своей жене: «Скорбь государя действительно искренняя и горячая. Но знает ли он причину всех этих погромов, неизвестно. Его кругом обманывают, и кто же из специалистов решится прямо и откровенно высказать своё мнение? Всё окружающее не блестит таким гражданским мужеством, которое давало бы право говорить правду там, где нужно…»