Осенью 1657 года, отодвинув в сторону Юрия Хмельницкого, гетманскую булаву взял Иван Выговский. Его биография заметно отличалась от жизненного пути отца Юрия. Выговский родился в семье признанной православной шляхты, которая не беспокоилась о своем привилегированном положении в обществе. Не знал таких забот и сам Иван. Его избрание гетманом стало успехом примкнувшей к восстанию шляхты и поражением старых казаков, до 1648 года пребывавших в реестровом войске. Показательным стало назначение нового генерального писаря — Выговский дал эту должность не заслуженному казаку, а магнату, чьи латифундии немногим уступали имениям Вишневецких. Его звали Юрий Немирич.
Получив редкое по тем временам образование, Немирич примкнул к радикальному крылу реформации — отвергнувшим догмат о Троице социнианам, которых называли также арианами. (В Америке аналогичная конфессия, унитарианство, пустила корни в конце XVIII века благодаря прославленному ученому Джозефу Пристли.) Немирич учился в арианской коллегии в Центральной Польше, затем путешествовал по Западной Европе, учился в университетах Лейдена и Базеля, по неподтвержденным сведениям — и в Оксфорде с Кембриджем. Во время “Потопа” Немирич принял сторону шведов-лютеран. Впрочем, политика Карла X его вскоре разочаровала, он перешел в православие, сблизился с Богданом Хмельницким и уехал на Левобережье, в возвращенные ему старые владения.
Среди казаков многим пришлось не по душе усиление шляхетской партии во главе с Иваном Выговским. Открыто возмутились запорожцы, те самые, что привели Хмельницкого-старшего к власти весной 1648 года. Теперь же к северу от порогов, на хорошо освоенных землях Среднего Поднепровья, возникло казацкое государство, отобравшее у них не только возможность утверждать гетмана, но даже имя — Войско Запорожское. Сечевики, негодуя на то, что их оттерли в сторону, потребовали провести выборы у них, на Низу. Полномочия Выговского таким образом поставили под сомнение, а некоторые полковники охотно прислушивались к запорожцам и готовы были их поддержать. Еще одна угроза новому гетману исходила из Москвы: царь признал за непокорной Сечью право контактировать с его чиновниками напрямую. Российское правительство не упустило шанс использовать распри на Украине для того, чтобы ослабить Выговского, лишить его той самостоятельности, какой пользовался покойный Хмельницкий.
Не на того напали: в июне 1658 года армия Выговского при поддержке крымских татар атаковала стоявших в Полтаве пророссийских казаков — низовых (запорожцев) и городовых (из Гетманщины). Он разгромил противника, но страшной ценой. Погибло до 15 тысяч человек. Впервые после 1648 года казаки дрались друг против друга, и этот прецедент знаменовал грядущий упадок их государства.
Выговский не сомневался, что мятежников поддержали из Москвы, и задавал себе вопрос: как быть дальше? Гетман полагал, что, подобно Хмельницкому четыре года назад, он заключил с царем договор на определенных условиях (называя это “вольным подданством”) и сохранял право расторгнуть его, если другая сторона явно нарушала эти условия. Алексей Михайлович же никаких условий не признавал, а верил только в свое неограниченное право повелевать подданными. Предшественнику Выговского в таком положении ничего не оставалось, как надеяться на шведов или турок, но новый гетман считал возможным компромисс и с Речью Посполитой. Шляхтичи вроде него не утратили чувства единства с этой державой, отлично знали ее изъяны и преимущества и стремились вернуть Войско Запорожское под скипетр Яна Казимира без утраты автономии.
В сентябре 1658 года Выговский созвал раду в Гадяче. Рада утвердила условия, на которых Гетманщина могла бы войти в состав Речи Посполитой. С Польшей заключили предварительный договор — Гадяцкую унию, подлинным автором которой был генеральный писарь Немирич. Таким образом воплощались в жизнь грезы украинской шляхты первой половины XVII века. Во время ожесточенной полемики, вызванной унией Брестской, православная знать увидела в Люблинской унии 1569 года нереализованное намерение заключить равноправный союз не двух, а трех стран: Польши, Литвы и Руси. Теперь Немирич опирался на эти фантазии и предлагал Речи Посполитой на деле признать княжество Русское своей частью, равной Короне и Литве.