Ровно через неделю по принесении народом присяги (11 декабря) старший дядя государя, князь дмитровский Юрий Иванович вместе со своими боярами был заточен в темницу, ту самую, в которой при Иване III был задушен или уморен голодом внук его, Дмитрий. За что князь Юрий подвергся опале? Об этом в наших летописях существует два сказания: одно обвиняет, другое оправдывает князя. По первому, он на другой же день присяги младенцу-племяннику подсылал дьяка своего, Тишкова, к князю Андрею Шуйскому, чтобы уговорить его перейти к себе на службу и способствовать возведению его на престол. Шуйский донес о том князю Борису Горбатому; тот — Елене, а Елена, созвав Боярскую Думу, приказала ей действовать по закону. По другому сказанию, Андрей Шуйский оклеветал Юрия, чуждого всяких честолюбивых замыслов и это сказание всего вероятнее, так как Андрей Шуйский, заточенный в тюрьму, мог сделать извет на князя Юрия в надежде заслужить милость и прощение. Всего же вернее, дядя государев был помехой Елене и князю Оболенскому в их самоуправстве и нежных отношениях, сделавшихся окончательно чуть не явными. Участь Юрия ужаснула Боярскую Думу и возбудила в ней ропот, а в народе жалость. Бывшие с войсками в Серпухове князь Семен Федорович Бельский и окольничий Иван Лятцкий бежали в Литву и передались Сигизмунду. Следствием этой измены были новые жестокости правительницы: князь Воротынский с сыновьями и брат Семена Бельского Иван, член верховного совета, были схвачены в Коломне, за сообщество будто бы с изменниками, привезены в Москву и посажены в темницы; опала правительницы не пощадила родного ее дядю Михаила Глинского и ближнего боярина Михаила Семеновича Воронцова: Глинский был заточен в темницу, Воронцов удален от двора. Эти вельможи были двумя совершенно невинными жертвами, принесенными Еленой Глинской князю Оболенскому. Старик дядя не давал ей покоя, укоряя ее постоянно за неприличное поведение, требуя разрыва с фаворитом и удаления его от занимаемых должностей. Страсть заглушила в Елене Глинской чувства родства и уважения к старику дяде: не довольствуясь его заточением, она в угоду Оболенскому приказала уморить Михаила Глинского голодом. Характер правления принимал кровавый оттенок тирании, возмутительной тем более, что она проявлялась в женщине, руководимой любовником. Боярская Дума значительно убыла, зато увеличилось число узников и эмигрантов. Брат князя Юрия, Андрей — князь старицкий, страшась подвергнуться одинаковой с ним участи, уехал в свой удел, ропща и негодуя на правительницу, о чем услужливые наушники ей исправно доносили.
26 августа 1536 года князь Юрий скончался в темнице, то есть подобно Михаилу Глинскому был уморен голодом. Князь Андрей, извещенный об этом, со всем своим семейством бежал из Старицы и, сделав привал в шестидесяти от нее верстах, решил, собрав войско, свергнуть правительницу и занять ее место. Может быть, даже и место государя-племянника. К областным детям боярским он разослал грамоты, призывая их к себе на службу и побуждая свергнуть ненавистное иго Боярской Думы. «Великий князь — младенец; не ему, а боярам вы служите!» — говорил Андрей в своих грамотах. Они сделали свое дело: многие из боярских детей приняли сторону мятежника; другие, более предусмотрительные, препроводили возмутительные грамоты в Москву. Правительница приняла решительные меры: в Новгород с сильным гарнизоном был отправлен князь Никита Оболенский, а Иван Федорович Телепнев со своей дружиной пустился в погоню за Андреем, которого и настиг в Тюхоли, за Старой Руссой. Войска встали друг к другу лицом, приготовились к битве, и в эту самую решительную минуту недавняя отважность князя Андрея сменилась малодушием, и он смиренно вступил с Телепневым в переговоры, требуя от него клятвы, что в случае сдачи в плен ему мстить не будут. Клятву эту Телепнев дал ему и привез князя в Москву. Елена, строго выговорив своему любимцу за своевольную дачу клятвы, в противность ей велела оковать и заключить Андрея; семейство его посадить под стражу; бояр его и советников немилосердно пытать — наконец, тридцать детей боярских, взявших его сторону, перевешать вдоль по новгородской дороге в далеком расстоянии друг от друга. Полгода томился Андрей в тюрьме, где был тайно удавлен по повелению той же «великодушной» Елены Глинской. Современница Франциска I, Генриха VIII, Карла V и Солимана И, она, хотя и слабая женщина, не уступала им в жестокосердии.
Но самое это жестокосердие и совершенное отсутствие сострадания к ближним не мешали Елене Глинской быть нежной, детски уступчивой и женственно сладострастной в объятиях князя Телепнева. В них находила она самый приличный для себя отдых от казней и злодейств.