Она прибыла в Париж 8 марта 1582 года, очень сухо была принята братом и матерью и нашла при дворе большие перемены. Бывшие друзья охладели к ней; милый герцог Алансонский скитался по Фландрии; герцог Гиз охладел к Маргарите, очерствел сердцем и, погруженный в интриги, едва обращал внимание на свою первую любовь. Король при всяком удобном случае говорил королеве Наваррской колкости, нередко и упреки за легкость ее поведения. Со своей стороны Маргарита, дав волю злому своему языку, не щадила своего братца, осыпая насмешками его фаворитов, с омерзением отзываясь об отношениях короля с этими «красавчиками»… В этом случае она была права, так как пылкие ее страсти никогда не доводили ее до противоестественного извращения вкуса. По прибытии в Париж она возобновила свою связь с Шанваллоном, и эта любовь не только вознаградила ее за всеобщее равнодушие, но и доставила ей радость, доныне еще неведомую… Маргарита родила сына, окрещенного под именем Анжа /Ангела/ и отданного на воспитание усыновившему его москательщику де Во. До времени ни королева-мать, ни Генрих III ничего об этом не знали. Оскорбляемая ими Маргарита платила им самой звонкой монетой — злословием, пороча их, весь двор: и правых, и виноватых. Генрих III терпел, по свойственным ему малодушию и трусости, но, наконец, вышел из себя после важного кровавого события, в котором по-видимому Маргарита принимала весьма деятельное участие. Курьер, отправленный королем в Рим к тамошнему французскому посланнику герцогу Жуайезу, был убит в окрестностях Парижа, а все бывшие при нем депеши украдены. В числе последних находилось собственноручное письмо короля к Жуайезу, в котором он, не скупясь на брань, описывал любовные похождения своей сестры, все ее происки и каверзы. Решив, что, кроме Маргариты, участвовать в убиении курьера было некому, так как депеши, кроме нее, никого не могли интересовать, Генрих III через несколько дней после катастрофы /7 августа 1583 года/ в присутствии всего двора отпел Маргарите все, что накипело желчного и ядовитого в его грязном сердце. Он по пальцам пересчитал ей всех ее любовников, упрекнул за распутство и в заключение, вместо лакомой закуски, бросил ей в лицо обвинение в рождении ее побочного сына от Шанваллона. Эти жестокие нравоучения, бесспорно основательные, имели бы большую цену в устах человека порядочного, а не закоснелого в распутствах содомитянина…
Оскорбленная королева Наваррская на другой же день выехала из Парижа, почти без свиты и обоза, с горстью приближенных ей служителей. Заливаясь слезами, она твердила, что на белом свете нет королев или принцесс, которые были бы несчастливее ее, Маргариты, и Марии Стюарт, королевы шотландской. В Палэзо королева Наваррская остановилась для ночлега, и здесь ее нагнал посланный за ней в погоню Генрихом III капитан гвардии с шестьюдесятью стрелками. Посланный, без всякого уважения к сану и полу Маргариты, обыскал весь ее багаж, обшарил саму постель, на которой она спала, надавал пощечин ее прислужницам, отдал под стражу двух ее любимиц, госпожу Дюра и девицу де Бетюнь, громко обвиняя их от имени короля «в распутстве и умышленных преждевременных родах». Всех арестованных, в числе десяти человек, отвели в Монтаржи /в аббатство Ферьер/, где Генрих III сам их допрашивал, пересматривал бумаги, захваченные у сестры, и при допросах особенно допытывался о ребенке Маргариты от Шанваллона, именно вследствие этого высланного за границу. Маргарита увиделась с ним только в 1605 году, после двенадцатилетней разлуки.
Что касается до их сына, Анжа, он, выращенный москательщиком де Во, вступил в орден капуцинов, был духовником маркизы Вернейль, соучастником во всех ее интригах и заговоре, имевшем целью лишение Генриха IV жизни и присоединение его королевства к Испании. В лице Анжа судьба послала Генриху IV страшного мстителя за все обиды, причиненные им Маргарите.
Обыск и допросы свиты королевы Наваррской убедили Генриха III если не в ее невинности, то, по крайней мере, в отсутствии всяких улик в ужасавших короля злоумышлениях. Арестованных выпустили, Маргарите позволили беспрепятственно продолжать свой путь в Гасконь к мужу, которого однако же не преминули известить обо всех этих скандалах. Король Наваррский потребовал у Генриха III законного удовлетворения за обиды, причиненные королеве, высказав вместе с тем намерение окончательно развестись с ней /чтобы жениться на великолепной Коризанде/. Испуганный Генрих III отвечал зятю, что все писанное о Маргарите — ложь и клевета, что его самого обманули… «Верю, — писал ему король Наваррский, — но с женой все-таки разведусь!» Генрих III послал к нему нарочного посла Белльльевра, вручившего королю Наваррскому собственноручные заверения короля французского в невиновности /?!!/ Маргариты. От природы глупый, сын Катерины Медичи в этих письмах дошел до идиотизма. Оправдывая свою сестру, он, между прочим, написал: «мало ли что говорили о поведении покойной матери короля Наваррского Иоанны д'Альбре, как ее порочили…»