Первым распоряжением верховной думы были ссылки и заточения бояр, пользовавшихся расположением Грозного; бояре Нагие, родственники вдовствующей царицы Марии Феодоровны, подвергнуты были домашнему аресту по подозрению в умысле объявить преемником Ивана Васильевича малолетнего царевича Димитрия. Москва волновалась, и для усмирения города принуждены были прибегнуть к военной силе в виде патрулей и пушек, расставленных на площадях. При такой внушительной обстановке была принесена присяга царю Феодору Ивановичу. Для обсуждения важнейших и неотлагательных государственных вопросов была созвана великая земская дума и знатнейшее духовенство. На этом собрании был назначен день священного коронования, обсуждались мероприятия к облегчению народного быта и, между прочим, решено было царицу Марию Феодоровну с царевичем Димитрием и всеми ее родственниками отправить на житье в Углич, с назначением ей особого штата и приличного содержания. Покоряясь этому решению, царь Феодор Иванович со слезами прощался с невинным младенцем, обрекаемым на изгнание и… на смерть, как увидим.
Недостатки нового правления не замедлили обнаружиться; зависть и раздор не преминули возникнуть между пятью правителями. В народе разнеслась нелепая молва (старанием князей Шуйских и рязанских дворян Ляпуновых и Кикиных), будто Вельский, отравив Грозного, ту же участь готовит и его сыну, чтобы возвести на престол своего друга, Бориса Годунова… Мятеж вспыхнул, и до тридцати тысяч вооруженного народа осадили Кремль, угрожая разгромить запертые его ворота выстрелами из царь-пушки. Испуганный Феодор Иванович выслал к мятежникам для переговоров своего дядю Никиту Романовича, князя Мстиславского и дьяков Щелкаловых. На вопрос, чего он желает, народ единогласно требовал выдачи Вельского,
Народ был прав, так как его возбудили к мятежу похвальные чувства любви и преданности к государю; но не виноват был и князь Вельский, на которого те же бояре-завистники сплели и распустили в народе небылицу. Миролюбивая развязка мятежа, грозившего опасностью боярам, набросила, однако же, весьма неблаговидную тень на правительство, т. е. на Годунова, бывшего душою боярской думы. Присудив к ссылке невинного Вельского, правительство выказало постыдную робость в виду разыгравшихся страстей народных; раз сделав уступку, оно уже не должно было, по усмирении мятежа, прибегать к карательным мерам, преследуя зачинщиков… Бессильное против вооруженной массы, вошедши с нею в переговоры, правительство обрушило свое мщение на несколько отдельно взятых личностей, признанных за зачинщиков и подстрекателей. Они были бы пощажены, если бы, обвиняя Вельского в небывалых преступлениях, не касались Годунова; первого они оклеветали, сказанное ими о втором было почти правда; но Годунов напомнил народу пословицу о Шемякиной суде, отправив невиноватого Вельского в ссылку и той же участи подвергнув Ляпуновых и Кикиных, возбуждавших народ к противодействию его властолюбивым замыслам… Молва затихла; большинство в наказании подстрекателей видело безукоризненную справедливость; к тому же внимание его, кроме того, было отвлечено от Годунова торжеством венчания на царство Феодора Ивановича, венчания, назначенного на 31 мая 1584 года.