Видя наконец, что от роли благодетеля пользы мало, Борис взялся за роль злодея и тирана, более подходившую к его дарованию. «Не понимают добра, поймут зло!..» — решил похититель престола и стал гонителем вельмож и дворянства. Родственнику царицы Марии Феодоровны Вельскому царь, основываясь на извете его завистников, приказал по волоску выщипать бороду. Эта опала была предшественницею другой, в которой Годунов выказал всю черноту своей ревнивой, завистливой души. Он обратил свое гонение на боярское семейство Романовых, ближайших сродников законного царского дома. После Никиты Романовича Захарьева-Юрьева осталось пятеро сыновей, порученных им покровительству Годунова. Прикрывая злобу и ненависть личиною расположения и доброжелательства, царь ласкал Романовых, породнился с ними чрез брак Ивана Ивановича Годунова с их младшей сестрою Ириною, но опасался их, видя в них соперников своему сыну Феодору по правам Романовых на престолонаследие. Он изыскивал все средства к их пагубе и избрал, как надежнейшее, клевету. Князь Феодор Шестунов, подкупленный царем, явился к нему с ложным доносом на Романовых, обвиняя их в недоброжелательстве к Годунову. За это клеветнику объявили царскую милость, пожаловали чин и поместье. Усердный клеврет Бориса Семен Годунов подкупил слуг бояр Романовых и, передав им мешки с ядовитыми травами, велел подкинуть их в кладовую Александра Никитича, а потом донести на него, будто он умышляет извести ядом царя и все его семейство. Слух этот всполошил всю Москву; окольничий Салтыков, посланный к Александру Никитичу Романову с обыском, нашел подкинутые к нему зелья… Затем оклеветанный и остальные его братья Федор, Михаил, Иван и Василий со всеми их сродниками были схвачены и отданы под суд. Невзирая на адские, лютейшие пытки, которым подвергли слуг Романовых, ни один не решился уличать их в небывалом преступлении; невинность благословенного семейства была очевидна, но заботились ли о том клевреты Годунова, из которых состояла следственная комиссия? В июне 1601 года состоялся приговор, жертвами которого были нижеследующие лица: