Желая всего прежде отблагодарить бояр и народ, удостоивших его выбором в цари, Шуйский в день своего воцарения дал торжественную клятву: без боярского суда никого не казнить смертию; не отбирать в казну имущества государственных преступников; доносчиков в случае клеветы подвергать тому же самому наказанию, под которое они подводили обвиняемых. В подтверждение исполнения приносимой им присяги царь целовал крест и тем возбудил ропот в боярах и в народе. «Не царь народу, — говорили они, — народ царю обязан приносить присягу». 1 июня 1606 года Василий Шуйский венчался на царство без малейшей пышности, запросто,
будто человек, вступающий тайный брак или стыдящийся своего ничтожества… Несчастной вдовицею, по необходимости вверявшею свою участь рукам проходимца и убийцы, была Россия. Скупой на милости, царь пощедрился на опалы. Всех приспешников и прислужников самозванца отправили в ссылку в отдаленные области, знатный сан конюшего был отнят у Михаила Нагого и объявлен упраздненным. Вместо пиров и празднеств царь явил своей столице грустное зрелище перенесения праха царевича Димитрия из Углича в московский Архангельский собор. Этой данью уважения святому мученику царь желал убедить подданных в их недавнем заблуждении, когда они называли государем Димитрием Ивановичем беглого расстригу. Но, соединяя политику с обрядом церкви, делая религию орудием своей политики, Шуйский в то же время пробуждал в народной памяти справедливое негодование на себя самого за клевету на царевича при производстве следствия по делу о его убиении (см. выше). Не менее царя была в это время неприятна народу и инокиня Марфа, недавняя соучастница самозванца… Приняв во внимание ее раскаяние, духовенство объявило ей прощение за обман и сообщество со злодеем. Нетленность тела царевича и многочисленные исцеления недужных, прикасавшихся к его гробнице, были приняты за очевидное проявление благодати Божией чрез святого угодника, и царевич Димитрий был причислен к лику святых. Одновременно на место свергнутого патриарха Игнатия главою духовенства был избран митрополит Гермоген.Устроив дела церковные, Шуйский занялся делами внутреннего благоустройства, приступив к очистке русского царства от наезжих и набеглых иноземцев, сторонников самозванца. Марина Мнишек продолжала величать себя царицею, Олесницкий и Гонсевский грозили Шуйскому и России за недавнее возмущение и убийство законного
царя Димитрия Ивановича. Отправив Марину под стражею в Ярославль и задержав послов королевских, Шуйский послал к Сигизмунду для объяснений князя Григория Волконского. Переговоры последнего с королем польским не только не привели к мирному соглашению, но еще пуще вооружили поляков: Сигизмунд, признавший самозванца за законного царя, видел в Шуйском дерзкого самозванца. Как бы в вознаграждение за разрыв с Польшею царю Василию удалось заключить дружественный союз с Карлом IX, королем шведским.И двух недель не прошло со дня воцарения Шуйского, а в Москве уже вспыхнул мятеж к его низложению; в заговоре участвовали многие бояре. Царь вышел к бунтовщикам и, укоряя бояр в непостоянстве, сказал:
— Не хитрите, если я вам не угоден! Вы меня избрали, вы же властны и свергнуть… Упрямиться не буду!
Слова были справедливые и основательные, но тон, которым они были произнесены, и слезы, струившиеся по лицу Шуйского, доказывали, каких душевных усилий стоила ему эта уступка народному неудовольствию.
— Ищите себе другого царя! — продолжал Шуйский, снимая с головы шапку Мономаха и бросив свой посох на землю…
Бояре молчали.
— А если я царь, — воскликнул Василий Иванович, снова надевая) царский венец, — то горе мятежникам и крамольникам!