Не ограничившись газетой «Завтра», Михаил Ходорковский решил купить и популярную московскую либеральную газету «Московские новости», которая старалась до 2003 года выступать как независимая газета. Цель этой покупки очевидна: популярная газета должна была активно поддержать на выборах в Государственную думу партию «Яблоко». Удивляли, однако, стремительность и бесцеремонность сделки: она завершилась всего за один день. Главной сенсацией для московского журналистского сообщества стала не сама по себе смена закулисного владельца издательского дома «МН», а быстрое смещение главного редактора «Московских новостей» Виктора Лошака, занимавшего этот пост около десяти лет, и назначение на пост главного редактора одной из наиболее авторитетных российских газет телевизионного журналиста и бывшего вице-президента коммерческой телекомпании «НТВ» Евгения Киселева, никогда ранее не работавшего в газете.
«Московские новости» и раньше считались умеренно оппозиционной газетой, не обходившей вниманием Г. Явлинского и «Яблоко». В. Лошак имел репутацию не только опытного и независимого редактора, но и хорошего журналиста, начинавшего свой путь в «МН» еще в 1986 году. У Евгения Киселева такой репутации не было.
Недоумение у общественности Москвы вызвало в начале лета 2003 года и неожиданное избрание ректором Российского государственного гуманитарного университета (РГГУ) 43-летнего вице-президента «ЮКОСа», долларового миллиардера Леонида Невзлина, которого называли еще недавно «политическим директором» компании «ЮКОС». Гуманитарный университет был создан в 1991 году на основе Московского историко-архивного института и Высшей партийной школы при ЦК КПСС по инициативе известного деятеля демократического движения Юрия Афанасьева, близкого соратника Бориса Ельцина. Афанасьев и стал ректором-основателем и владельцем многих смежных структур. Но теперь профессионального историка и доктора наук, почти авторитарно управлявшего многотысячным коллективом РГГУ, должен был сменить профессиональный нефтяник, инженер и банкир.
Похоже было, что «ЮКОС» просто купил для одного из своих директоров должность ректора РГГУ за 100 миллионов долларов. Эти деньги были положены на счета РГГУ с правом снимать ежегодно на нужды университета по 10 миллионов долларов. К множеству постов и должностей, которые занимал в последние годы Леонид Невзлин, включая и недолгое руководство Российским еврейским конгрессом (РЕК), этот беспокойный бизнесмен прибавил теперь и престижный пост ректора большого государственного университета. Министерство образования РФ не утвердило, однако, Л. Невзлина на посту ректора, так как он не имел даже научной степени кандидата наук.
Самая последняя встреча В. Путина с М. Ходорковским состоялась 24 апреля 2003 года, и в этой встрече участвовал также глава «Сибнефти» Евгений Швидлер. По сообщению пресс-службы, «участники встречи проинформировали президента о своих планах на мировых нефтяных рынках». Эти планы были очень масштабными. Так, Ходорковский требовал от правительства разрешения строить частные нефтепроводы. «Не надо нам говорить, — весьма агрессивно комментировал Ходорковский свои переговоры с властями, — в какой нефтепровод нам инвестировать деньги, когда у меня есть свои планы и я готов принять на себя риски. Я думал, государство давно поняло, что частный сектор работает эффективнее, чем государство».
Но В. Путин решительно высказался против строительства частных нефтепроводов. Он несколько раз напоминал Ходорковскому и о проблемах с выплатой налогов, и о недопустимости теневого финансирования политических партий — даже из личных средств. В свою очередь М. Ходорковский призывал В. Путина не вмешиваться в решение конкретных экономических проектов и «выступать только гарантом». «Всё остальное должно сделать само общество… Надо работать с творческим меньшинством страны, с ее интеллектуальной элитой. Наш успех — это результат работы наших мозгов» — так нередко объяснял М. Ходорковский высокие доходы и прибыли «ЮКОСа». И 5 июля 2003 года, вскоре после ареста П. Лебедева, Ходорковский сделал весьма примечательное заявление: «Я не стал бы ссориться с президентом страны. Каждый должен играть на своем поле. У Владимира Владимировича непростой характер… Мы отвечаем за снабжение энергоносителями большого количества регионов. У компании огромные возможности по запасам прочности. И с этой точки зрения мы, так сказать, готовы эту ответственность нести, но и власть должна свою ответственность тоже в общем понимать».