И Михаил Касьянов, и Александр Волошин решительно возражали против ареста Ходорковского. Они давали этому олигарху какие-то заверения и искали поддержки у Ельцина. В сложившейся ситуации Борис Ельцин решил публично выразить свою «обеспокоенность» и сделал это в большом интервью газете «Московские новости» в октябре 2003 года. Но эта газета была теперь рупором Ходорковского, так как «ЮКОС» купил контрольный пакет ее акций в начале сентября 2003 года. Другие газеты это интервью не публиковали и не комментировали. Александр Волошин был вынужден подать в отставку. Владимир Путин эту отставку принял, хотя и назвал решение руководителя своей администрации ошибкой.
Окончательный разрыв Владимира Путина с Борисом Ельциным произошел 12 февраля 2004 года, когда Путин провел первое и последнее официальное предвыборное мероприятие, собрав в здании МГУ своих доверенных лиц и более шестисот журналистов со всей страны. Президент России не только зачитал предвыборную программу и сделал отчет о проделанной работе, но и впервые подверг уничтожающей критике режим Ельцина, не называя, однако, имени первого президента России.
«Давайте вспомним, — сказал Путин, — в каком состоянии находилась страна в конце 1999-го — начале 2000 года и какие причины, какие факторы повлияли на это состояние… Деструктивные процессы разложения государственности при развале Советского Союза перекинулись — и это можно и необходимо было предвидеть — на саму Российскую Федерацию. Политические спекуляции на естественном стремлении людей к демократии, серьезные просчеты при проведении экономических и социальных реформ привели тогда к очень серьезным последствиям. За чертой бедности оказалась треть населения страны. При этом массовым явлением стали многомесячные задержки с выплатой пенсий, пособий, заработных плат. Люди были напуганы дефолтом, потерей в одночасье всех денежных вкладов и всех своих сбережений, не верили уже и в то, что государство сможет исполнять даже минимальные социальные обязательства. Страну лихорадило от забастовок горняков, учителей, других работников бюджетной сферы. Ставки налогов постоянно повышались, а фискальная политика в целом была направлена на элементарное выживание. Большинство крупных банков обанкротилось, и после кризиса 98-го года кредитная система была практически парализована. Больше того, страна впала в унизительную зависимость от международных финансовых организаций и разного рода международных финансовых спекулянтов. Только вдумайтесь: в пересчет на ВВП внешний долг России на конец 99-го года составлял почти 90 процентов.