В сентябре 2004 года, заслушав доклад министра обороны Сергея Иванова об успехах военно-морских учений, Владимир Путин поручил министру подготовить к концу года доклад как о развитии достигнутых успехов, так и о том, «как идет работа по оснащению армии и флота новейшими вооружениями». При этом Путин подчеркнул, что его в данном случае не интересует, как идут поставки российского оружия и военной техники на экспорт. Он хочет знать, как идет перевооружение именно российских армии и флота. «Эти планы есть. Важно, чтобы эти графики соблюдались и по финансированию, и по срокам».
«Российский флот медленно, но верно идет ко дну», — писала в конце марта 2004 года газета «Московский комсомолец». Это была намеренная дезинформация. Мы хорошо помним оценки состояния российского флота, которые давались после гибели подводной лодки «Курск». По большей части они были очень негативны, но во многих случаях справедливы. Но именно состояние дел на флоте — предмет особого внимания Владимира Путина в последние семь лет. И результаты очевидны.
В 2004 году российские ВМС провели учений и маневров больше, чем обычно в советские годы. Да и учения являлись как правило, такими, какие в то время были бы вообще невозможны. Так, например, летом 2004 года впервые в нашей истории проведены российско-французские морские учения, в ходе которых отрабатывались взаимодействие и связь атомных субмарин в надводном и подводном положении. В ходе этих учений атомная подводная лодка Северного флота заходила во французский военный порт в Бресте. Только летом 2004 года около пятидесяти российских военных кораблей различного класса осуществили заходы в пятнадцать морей. Многие иностранные эксперты называли эти данные «сенсационными».
В сентябре 2004 года в Ионическом море состоялись большие совместные российско-итальянские морские учения с участием авиации США. Российский Тихо-океанский флот проводил учения совместно с японскими военно-морскими силами по методике оказания помощи терпящим бедствие судам. Российские сторожевые корабли проводили боевое патрулирование в восточной части Средиземноморья по натовской программе.
В октябре в Северной Атлантике состоялись большие российско-американские учения с боевой стрельбой — в них принимало участие крупное соединение Северного флота. Учения по посадке палубных самолетов проводились совместно с Норвегией и Исландией. После неудачных пусков межконтинентальных ракет морского базирования в феврале 2004 года Генштаб и ВМФ провели в сентябре и октябре 2004 года аналогичные учения, и ошибки были исправлены. С атомных подводных лодок трижды проводились успешные запуски межконтинентальных ракет с разделяющимися боеголовками — по три боевых блока в каждой.
Министр обороны доложил Путину, что в настоящее время несколько атомных подводных лодок находятся на регулярном боевом дежурстве. Речь шла о восстановлении, хотя и не в прежнем объеме, советской традиции по дежурству в Мировом океане и с ядерными боезарядами.
Многочисленные учения проводились и с участием дальней стратегической авиации. Проводились пуски крылатых ракет, которые в свою очередь сами становились целями для ПВО. Учения сухопутных военных частей состоялись на Северном Кавказе, в Закавказье и в Средней Азии; в последнем случае это были совместные учения со странами СНГ.
Основное занятие вооруженных сил в мирное время — это подготовка и проведение разнообразных учений. Российские Вооруженные силы в 2005–2007 годах нигде не вели военных действий. Но они проводили теперь все необходимые учения и маневры, и это обстоятельство перестало быть сенсацией. Это считалось теперь обычной работой, о которой незачем было постоянно писать в печати. Пришла другая забота. Военно-воздушные силы и военное авиастроение получили поручение — помочь подъему российской гражданской авиации. Российские ВМС и военное судостроение получили поручение — помочь восстановлению российского гражданского судостроения. Несколько десятков опытных менеджеров из военной промышленности пришли на помощь российскому автопрому, главным образом на «АвтоВАЗ».
В 2004 году в рамках общей административной реформы проведено и реформирование Министерства обороны. Впервые в России создан центральный аппарат Министерства обороны. Изменены функции Генерального штаба и расширены полномочия министра обороны. Министерство обороны продолжало работу по формированию профессиональной контрактной армии с четкой организационно-штатной структурой. Укреплены части и подразделения постоянной боевой готовности, в которых служат главным образом контрактники — сержанты и солдаты. Ведется подготовка к переходу с 2008 года к одному году срочной службы по призыву. Полностью отказаться от призывной системы Россия пока не планирует.