22.06.1941 В составе 14 смешанной авиадивизии ВВС КОВО
(На момент начала боевой работы имел в боевом составе 56 И-16 и И-153 (из них 10 неисправных).
Одержана первая известная воздушная победа полка в Отечественной войне:
ст. л-т Иванов И.И., пилотируя И-16, в воздушном бою в р-не аэродрома Дубна таранным ударом сбил немецкий бомбардировщик Хе-111.29.06.1941 Большая часть летного состава направлена в 11 запасной истребительный авиаполк Северо-Кавказского ВО (г. Ростов-на Дону) для переучивания на ЛаГГ-3. Остальной личный состав продолжал боевые действия на Юго-Западном фронте до 10.07.1941.
13.07.1941–09.08.1941 В полном составе находился в 11 зиап, где переформирован по штату 015/134 (24.07.1941) и освоил истребители ЛаГГ-3.
10.08.1941 Приступил к боевой работе в составе 8 иад ВВС Северного фронта на самолетах ЛаГГ-3.
23.08.1941 В составе 8 иад вошел в состав ВВС Ленинградского фронта
14.09.1941 Передал 2 ЛаГГ-3 в 44 иап. 19 человек летного состава вылетели во 2 зиап Московского ВО (ст. Сейма Горьковской обл.) на Ли-2 для получения новой матчасти.
01.10.1941 Переформирован по штату 015/174.
25.10.1941 Имел в боевом составе 19 ЛаГГ-3 (из них 4 неисправных).
14.10.1941–30.10.1941 Действовал в подчинении командования 7 истребительного авиакорпуса ПВО Ленинградской зоны ПВО.
30.10.1941 Вошел в состав 2 сад ВВС Ленинградского фронта.
28.12.1941 Имел в боевом составе 6 ЛаГГ-3 (из них 2 неисправных).
30.12.1941 Передал 5 ЛаГГ-3 вместе с экипажами в 563 иап. Оставшийся личный состав убыл в тыл на доукомплектование и переучивание.
16.01.1942–07.05.1942 В 22 зиап Московского ВО (г. Иваново) освоил английские истребители «Харрикейн».
24.05.1942 Приступил к боевой работе в составе 235 истребительной авиадивизии 1 Воздушной армии Западного фронта на самолетах «Харрикейн».
12.06.1942 Вместе с 235 иад передан в состав 8 ВА Юго-Западного фронта.
12.07.1942 Вместе с 235 иад 8 ВА вошел в состав войск Сталинградского фронта
(28.07.1942 Выведен с фронта и убыл в 14 зиап МВО (г. Иваново) для переучивания на американские истребители «Киттихаук».
Октябрь 1942 Переформирован в 14 зиап по штату 015/284 за счет личного состава расформированных 185 иап и 187 иап.
15.12.1942 Приступил к боевой работе в составе 239 иад 6 ВА Северо-Западного фронта на самолетах «Киттихаук».
13.03.1943 Принял 5 исправных «Киттихауков» и 5 летчиков от 10 иап, убывающего в тыл на доукомплектование и переучивание.
16.03.1943 Принял 10 «Киттихауков» от 436 иап.
18.03.1943 За образцовое выполнение боевых задач и проявленные при этом мужество и героизм приказом НКО СССР № 128 46 иап преобразован в 68 гвардейский истребительный авиационный полк
.июнь 1943 В боевых условиях начал освоение и перевооружение на американские истребители «Аэрокобра».