Стихийно возникавшие из окруженцев и местных сторонников Советской власти партизанские отряды оказались без запасов продовольствия и боеприпасов, а также без раций. Но уже к зиме 1941/42 года засланные из-за линии фронта специальные партизанские группы и наиболее авторитетные командиры и комиссары сумели сколотить первые отряды, причинявшие немцам немалое беспокойство. Разочаровавшиеся в оккупантах местные жители стали помогать партизанам, пополняя их ряды или добровольно снабжая партизан продовольствием и теплой одеждой. Поражение немецких войск под Москвой способствовало развитию партизанского движения. Москва сразу же постаралась поставить все созданные партизанские отряды под свой контроль. Сначала партизанским движением руководили военные советы соответствующих фронтов и находившиеся при них представители НКВД, а также компартии союзных республик и обкомы подвергшихся оккупации областей РСФСР. 30 мая 1942 года при Ставке Верховного Главнокомандования был создан Центральный штаб партизанского движения во главе с первым секретарем компартии Белоруссии Пантелеймоном Кондратьевичем Пономаренко. Но ему не подчинялся Украинский штаб партизанского движения, который возглавлял член Политбюро Никита Хрущев.
Окончательно Центральный штаб партизанского движения был упразднен 13 января 1944 года. Руководство партизанами передали республиканским штабам. Пономаренко возглавил самый крупный из них — Белорусский штаб партизанского движения. Теперь уже освобождение советской территории продолжалось безостановочно, и местным штабам было сподручнее координировать взаимодействие партизан и частей Красной Армии, а также снабжать партизанские отряды всем необходимым. В Прибалтике и Бессарабии массового просоветского партизанского движения так и не возникло. На Украине же с освобождением Левобережья Днепра собственно партизанское движение просоветской направленности фактически прекратилось и свелось к рейдам крупных партизанских соединений Ковпака, Наумова, Сабурова и других в Западноукраинские Карпаты. Они занимались диверсионной и, в меньшей мере, разведывательной деятельностью, атаковали неприятельские гарнизоны, захватывали склады, разрушали железные дороги и мосты, пополняясь сторонниками коммунистов из числа местных жителей. Однако им приходилось вести бои не только с немцами и коллаборационистскими формированиями, но и с отрядами Украинской повстанческой армии и польской Армии Крайовой. Отряды УПА преобладали в Западной Украине, а отряды АК были наиболее влиятельны в Западной Белоруссии, где они были многочисленнее советских партизанских отрядов. Если УПА сражалась как против немцев, так и против советских и польских партизан и против Красной Армии, то Армия Крайова дралась как с немцами, так и с УПА, но сама на Красную Армию и советских партизан первой не нападала, а только оборонялась против их многочисленных нападений.
Сталин и Пономаренко вплоть до конца войны находились в плену прекраснодушных мечтаний, что партизанские отряды способны воевать с врагом главным образом за счет оружия и боеприпасов, захваченных у врага. Между тем за счет местных ресурсов партизаны могли снабжать себя только продовольствием и фуражом, но никак не вооружением и боеприпасами. Об этом уже после войны, 28 декабря 1965 года, вполне откровенно писал Пономаренко бывший командир партизанского отряда А. Андреев. Он указывал, что немецкие склады и эшелоны не могут быть главным источником снабжения партизан взрывчаткой и боеприпасами, поскольку партизанам трудно захватить такой склад. Ведь для этого требуется основательно разгромить немецкие гарнизоны, а это под силу только крупным партизанским соединениям и, в свою очередь, требует большого расхода боеприпасов. Поэтому боеприпасы следовало доставлять из Центра. Андреев сетовал: «Сколько возможностей было упущено партизанами только из-за постоянного острого недостатка оружия, боеприпасов, отсутствия взрывчатки!»
Возможно, если бы, как советовал опытный диверсант-подрывник Иван Старинов, партизанское движение сосредоточилось на действиях групп квалифицированных подрывников, снабженных достаточным количеством взрывчатки, на коммуникациях противника, не отвлекаясь на нападения на полицейские гарнизоны и не гонясь за численным ростом отрядов, это принесло бы больше пользы Красной Армии.
Но Сталин требовал, чтобы партизанское движение было как можно более массовым, и партизанские руководители вынуждены были подчиняться, хотя массовость никак не способствовала эффективности, поскольку боеприпасов на десятки тысяч свежеиспеченных партизан все равно не хватало. Нередко местное население просто мобилизовывалось в партизанские отряды, но надежность таких «партизан поневоле» была невелика.