В Чечне, которая являлась частью Чечено-Ингушской АССР, антисоветское партизанское движение существовало с начала 1930-х годов. Оно усилилось в первой половине 1941 года, еще до начала войны, когда органы НКВД зафиксировали 31 «бандпроявление». Фактически коллективизация в Чечне была только на бумаге, а значительная часть местной партийно-советской элиты, не исключая сотрудников НКВД, оказалась связана с повстанцами и нередко выступала в роли руководителей партизанских отрядов. Весной и летом 1942 года, при приближении немецких войск к территории Чечни, в Введенском, Шатоевском, Итум-Калинском и ряде других районах горной Чечни вспыхнуло мощное антисоветское восстание, в основном подавленное лишь к осени 1943 года. Только в марте 1942 года из 14 576 призывников-чеченцев из Красной Армии дезертировало 13 560 человек. Немцы забрасывали на парашютах к повстанцам радистов, а также инструкторов из числа чеченцев, оказавшихся на немецкой стороне фронта. Среди забрасываемых немцами инструкторов были также ингуши, карачаевцы, дагестанцы, осетины и грузины из числа эмигрантов и дезертиров.
Серьезного повстанческого движения в Ингушетии не было, и их выселили «за компанию», из-за близости языка и культуры, поскольку на практике русскоязычным сотрудникам НКВД невозможно было различить чеченцев и ингушей. Войска НКВД были введены в Чечено-Ингушетию за месяц до начала депортации под видом войсковых учений и были одеты в форму Красной Армии. Всего в операции участвовало более 100 тыс. бойцов и оперработников НКВД и НКГБ. Местом депортации были намечены Казахстан и Киргизия. В 5 часов утра 23 февраля мужчин созвали на сходы, где на родном языке им объявили решение о депортации. 7 марта была упразднена Чечено-Ингушская АССР. Попытки бегства или сопротивления пресекались с применением оружия, вплоть до расстрела на месте. Всего таким образом было уничтожено 50 человек. Полностью был сожжен высокогорный аул Хайбах Галанчжойского района. Из-за снежных заносов, сделавших невозможным в ближайшие недели транспортировку его жителей, войска НКВД уничтожили около 700 жителей. Последний эшелон с чеченцами и ингушами прибыл на станцию назначения 20 марта 1944 года. Было выселено 478 479 человек, в том числе 91 250 ингушей и 387 229 чеченцев. Из этого числа было арестовано 2016 человек, главным образом чеченцев. В Казахстан прибыло 239 768 чеченцев и 78 470 ингушей, в Киргизию — 70 097 чеченцев и 2278 ингушей. В пути и в первые недели после прибытия на место от недоедания, холода и эпидемий умерло примерно 75 тыс. чеченцев и 10 тыс. ингушей, главным образом детей и стариков.
Повстанческое движение в Чечне продолжалось и после депортации. В 1945 года партизаны были еще достаточно сильны, чтобы разбить роту НКВД численностью более 100 человек. В 1948 года остались лишь разрозненные группы по 3–5 человек, часть из которых дожила до 1970-х годов.
После кавказских народов настала очередь народов Крыма, который Красная Армия освободила в апреле — мае 1944 года Всего в германских вооруженных силах, вспомогательной полиции и отрядах самообороны прошло службу от 15 до 20 тыс. крымских татар-добровольцев из 218 тысяч татар, проживавших в Крыму в 1939 году. Они использовались главным образом для борьбы с партизанами. В 1941 года в ряды Красной Армии было призвано около 10 тыс. татар, большинство из них остались в Крыму после его оккупации немцами и румынами. В 1941–1944 годах в партизанских отрядах Крыма сражалось 1130 татар (общее количество партизан за этот период — около 11 тысяч), из них погибло 96, пропало без вести 103 и дезертировало 177. В подпольных организациях Крыма за тот же период татар было менее 100 человек (всего крымских подпольщиков насчитывалось около 2500 человек). Стоит отметить, что значительная часть крымских татар (более 4 тыс. человек), замешанных в коллаборационизме, эвакуировалась вместе с отступавшими немецкими войсками.
Основная операция по депортации крымских татар началась на рассвете 18 мая и была в основном завершена 20 мая. Из Крыма было выселено 194 111 крымских татар (более 47 тыс. семей). Большинство депортированных, 37 тыс. семей (151 083 чел.), были расселены в Узбекистане. Остальных вывезли на Урал и в европейские области РСФСР.
В течение мая — июня 1944 года из Крыма было также депортировано 184 940 греков, 12 422 болгарина, 9620 армян, а также немцы, итальянцы и румыны.
Хотя в пути следования и на местах поселения татарам должны были обеспечивать продовольствие, на практике среди депортируемых царил сильный голод. Только в Узбекистане в 1944–1945 годах умерло около 29 тыс. крымских татар. Велика была также смертность среди крымских болгар, армян и греков. 30 июня 1945 года Президиум Верховного Совета РСФСР преобразовал Крымскую АССР в Крымскую область.
Миф ленд-лиза