Во всех трёх частях арагонского королевства вспыхнули междоусобия между юнистами и роялистами. Уния вельмож имела больше воинов, но Педро был мастером обольщать и интриговать. Он сумел удержать короля Кастильского от помощи инсургентам, возбудил в валенсийцах недовольство к арагонцам, дозволил вождю роялистской партии графу Эхерике принимать в своё войско мавров. Противники его вызвали из Кастилии на место Хайме старшего сына Леоноры Фернандо, чтобы противопоставить его дочери Педро. Убедившись, что счастье в этой войне против него, король счел за лучшее уступить и даже признал Фернандо наследником. Некоторое время он сам и его жена жили в Валенсии на положении пленников, причем вооруженные горожане бдительно следили за тем, чтобы король не сбежал. Тем временем партия роялистов становилась все сильнее и продолжала борьбу с переменным успехом. В июне 1348 г. Педро удалось во время охоты улизнуть из-под стражи. Он присоединился к войску Лопе де Луны, и вскоре в битве при Эпиле юнисты потерпели тяжелое поражение. Знамя унии было захвачено как трофей, инфант Фернандо бежал в Кастилию. После этого Педро без всякого сопротивления вошёл в Сарагосу. Многие члены унии, в том числе представители виднейших арагонских фамилий были казнены, а их имения конфискованы. В октябре кортесы приняли закон, воспрещавший впредь вельможам образовывать унии против короля; все грамоты, признававшие за дворянством право составлять эти союзы, были уничтожены, а печати их сломаны. Сохранилось предание, что Педро лично изрезал кинжалом одну из таких грамот. Он поранил себе руку о лезвие, но не смутился и весело сказал, что при таком важном деле непременно должна течь кровь. И действительно, свирепость его в это время не знала границ. Из Арагона он отправился в Валенсию и предал жестоким казням всех юнистов, каких ему удалось захватить. Некоторым Педро приказал вливать в глотку расплавленный свинец от того колокола, который некогда созывал дворян на собрание унии. Но, несмотря на все эти зверства, победа над унией имела для Испании положительное значение, так как было уничтожено формально признанное за грандами право восстания против короля. Это избавило в дальнейшем Испанию от многих кровавых смут и анархии, примеры которых очень хорошо известны из истории Германии, Польши и других стран, где аристократический принцип власти возобладал над монархическим.
Одержав полную победу, Педро обнародовал амнистию и дал в собрании кортесов присягу, что будет соблюдать законы и обычаи королевства, не будет никого подвергать казни, изгнанию или заключению без постановления суда; его преемники должны были давать такую же присягу. Все споры между королём и подданными отдавались на решение хустисии (этот сановник считался блюстителем закона). С этого времени свобода в Арагоне стала поддерживаться не столько оружием, сколько законом. Хустисия назначался королём, но действовал под наблюдением комитета инквизиторов (контролеров), избираемых кортесами, и не мог постановлять решений, не одобренных ими; это служило гарантией законности его постановлений. Восстания в царствование Педро больше не повторялись. К тому же в 1350 г. у короля родился сын, и инфант Фернандо утратил всякие права на престолонаследие. Разрешив внутренние проблемы, Педро обратился к внешним. Власть арагонцев над Сардинией все ещё была очень непрочной. То и дело здесь вспыхивали восстания, инспирированные генуэзцами. Для того, чтобы в корне покончить с этим злом, Педро объявил войну Генуе и вступил в союз с её извечным врагом Венецией. Два морских сражения, в которых одержали победу арагонцы, не могли обеспечить окончательное умиротворение острова. В 1354 г. Педро сам отправился в Сардинию с большим войском и овладел некоторыми укрепленными пунктами. Затем внимание Педро надолго было отвлечено тяжелой войной с Кастилией. Война продолжалась много лет и велась с большим ожесточением. Кастильцы несколько раз вторгались в пределы Арагона и подвергали страну опустошениям. В 1365 г. Педро удалось выправить положение, а затем, воспользовавшись междоусобиями в Кастилии, он перешел в наступление и завладел Молиной. Когда королём в Кастилии стал умный и ловкий Энрике II, военное счастье опять покинуло Педро. Особенно опасно стало его положение в 1375 г.: Энрике заключил союз с португальским и французским королями, а Хайме, король Майорки, занял Руссильон и Сердань и начал наступление в глубь Арагона. Педро поспешил помириться с королём Кастильским, уступил ему обратно Молину и другие пограничные области. Хайме Майорский был после этого окружён в горах и с большим трудом смог вывести своих солдат из Испании. Война, длившаяся двадцать с лишним лет, завершилась, причем все соперники остались при своих старых границах. Последние годы жизни Педро были омрачены семейными распрями. Уже шестидесятилетним стариком он женился на Сибиле Форциа, дочери кастильского вельможи, поддался её влиянию и рассорился со старшим сыном Хуаном.
Педро Жестокий