Конечно, реально Иннокентий не мог лишить Гогенштауфена его короны, но он посеял семена мятежа среди его подданных. В Германии многие могущественные князья объявили себя свободными от присяги и стали совещаться об избрании нового короля. Восстания вспыхнули в Сицилии. Фридрих поспешил на остров. Весной и летом 1246 г. он взял несколько замков и безжалостно казнил всех инсургентов (в том числе 22-х знатных дам и девушек). Его полководцы и сыновья подавили мятеж в Парме и некоторых других городах Средней Италии. Но Фридрих не мог удержать под своим контролем Германию. Многие светские и духовные князья, враждебные императору, собрались в мае 1246 г. на съезд в Вейтсгохгейме и избрали королём ландграфа Тюрингского Генриха Распе. Сын Фридриха Конрад, выступивший против мятежников, был разбит ими под Франкфуртом. Враги Гогенштауфенов приободрились, но в феврале 1247 г. Генрих Распе умер.
Фридрих стал собирать силы для похода на Лион. Однако в июне 1247 г. вновь восстала Парма. Император осадил этот город и так стеснил его осадой, что там начался сильный голод. Чтобы не прекращать осады даже зимой, Фридрих велел построить в четырех милях от осаждённой Пармы город Витторию. Он не сомневался в победе, но в феврале 1248 г., воспользовавшись его отъездом, защитники Пармы напали на Витторию и сожгли её дотла. Они захватил» корону Фридриха, его казну и увели в плен его гарем. При этом внезапном нападении осаждавшие разбежались, и сам Фридрих поспешно уехал в Кремону. От этого удара он уже не смог оправиться. В Романье и Тоскане вновь взяли верх сторонники папы. В сентябре 1247 г. в Германии был избран королём Вильгельм, граф Голландский. Конрад повел против него войну, и вскоре вся Германия была охвачена междоусобиями. Дела Фридриха в Италии с каждым годом шли все хуже. Силы его были изнурены борьбой, многие города и вельможи изменяли ему; он сделался подозрителен и стал слушаться клеветников. В мае 1249 г. в сражении у речки Фоссальты был разбит и взят в плен сын Фридриха Энцио. В сентябре сторонники папы взяли Модену. В декабре 1250 г. во время подготовки похода в Ломбардию Фридрих вдруг почувствовал упадок сил. У него открылся кровавый понос, и 13 декабря он умер на руках своего побочного сына Манфреда.
Фридрих III
После смерти своего отца Эрнеста Железного Фридрих наследовал Штирию, Каринтию и Крайну. Позже ему была поручена опека над Тиролем и Австрией, и таким образом он соединил в своих руках управление всеми наследственными владениями Габсбургов. После смерти в 1439 г. его троюродного брата, императора Альберта II, курфюрсты избрали Фридриха на его место. Но германская корона имела тогда так мало значения, что Фридрих три с половиной месяца не решался принять её. Наконец, он дал своё согласие, но и после этого в течение двух лет не имел досуга приехать в Ахен на свою коронацию. Новый хороль был не лишён достоинств и слыл человеком образованным, благочестивым, честным, бережливым Но он совершенно лишён был энергии и каких-либо политических идей. «Он постоянно размышлял и постоянно ни на что не решался, – писал о нём один летописец, – он был бесполезный император; в течение его продолжительного царствования немецкая нация почти совсем позабыла, что у неё есть король».