Правление Альфонса началось со ссоры с сестрами. Санчо I оставил им обширные владения, но король не пожелал давать им так много. Только в 1216 г., при посредничестве папы Иннокентия III, он урядился с ними, отдав часть завещанных им имений. При поддержке нидерландских крестоносцев он в 1217 г. одержал над мусульманами большую победу под Алькасер до-Соль. Горожане согласились на капитуляцию, но король велел убить в этом большом городе всех мужчин, способных носить оружие, а остальное население изгнал. В конфликтах с папой Альфонс держал себя так же твердо, как его отец. За это он был отлучен от церкви, а на все королевство наложен интердикт. Альфонс установил хорошие законы для ограждения свободных горожан, заботился о справедливости суда и безопасности жизни. ум. он, так и не примирившись с папой.
Альфонс III
В 1248 г. Альфонс, фактически управлявший страной с 1245 г. вместо низложенного брата Санчо, принял с согласия кортесов королевский титул. Он возобновил войну с арабами и покорил всю Альгарвию. Альфонс заботился о развитии земледелия, приглашал христианских колонистов, строил новые селения. Укрепив свою власть, он стал нарушать права, дарованные им духовенству. Епископы роптали на то, что он берет церковные имения, отнимает у церкви доходы, принуждает духовенство подчиняться светскому суду. Папа Григорий IX пригрозил ему отлучением. Альфонс держал себя хитро: на словах уверял папу о своём уважении, но продолжал свою политику. Несколько лет ему удавалось морочить пап, пока, наконец, в 1277 г. он не был отлучен от церкви. Лишь незадолго до смерти в 1279 г. король примирился с духовенством, поклялся исполнять обещания, данные им в 1245 г. на лионском соборе, и получил отпущение грехов.
Альфонс IV
Прежде чем занять престол, Альфонс долго воевал со своим отцом. Сделавшись королём, он враждовал со своим побочным братом Альфонсо Санчесом. Дело дошло до вооруженных столкновений.
Наконец, королева Изабелла примирила их. Король перестал подозревать брата в происках против него и даже подружился с ним. Альфонс был хорошим правителем, заботливо охранял справедливость. Народ имел от него большую поддержку и во время страшного землетрясения 1344 г., и в годы эпидемии чумы, проникшей в страну в 1348 г. В старости Альфонс пережил тяжёлый раздор со своим сыном и наследником Педро.
Альфонс V
После смерти Дуарти вплоть до совершеннолетия короля страной управляла его мать Элеонора. Это время по обычаю было отмечено смутами. Во главе знати стояли инфанты Педро, Энрике и Жуан – дядья малолетнего Альфонса, добивавшиеся, чтобы регентство было передано им. В 1441 г. королева бежала в Кастилию и умерла в изгнании в Толедо. В 1448 г., по достижению совершеннолетия, Альфонс женился на своей двоюродной сестре Изабелле и стал самостоятельно править государством. Он был человек чистой нравственности, образованный, красноречивый, любезный в обращении, но легкомысленный, увлекающийся планами, исполнение которых превышало его силы. Сначала он слушался советов тестя, инфанта Педро, но потом рассорился с ним и удалил от двора. Распря между ними дошла до междоусобия. В мае 1449 г. в сражении при Альфарробейре Педро попал в засаду и был убит.