Однако ни в секретных директивах, ни в речи Сталина еще не затрагивались вопросы практической организации партизанского движения, обеспечения борьбы в тылу противника вооружением, средствами связи, взаимодействия партизанских отрядов и подполья с Красной Армией. Партизаны действовали на этом этапе чаще всего самостоятельно, сообразуясь с обстановкой. Среди организаторов первых партизанских отрядов были в Белоруссии – Г. Бумажков, В. Корж; на Украине – И. Боровик, С. Ковпак; в Карелии – П. Столяренко, В. Тиден и многие другие. Отряды возникали стихийно и укреплялись благодаря поддержке местного населения. Только в результате этой поддержки борьба против опытного, хорошо вооруженного врага за сравнительно короткий срок из отдельных очагов сопротивления приобрела характер массового народного движения.
В июле 1941 г. Ставка Верховного Главнокомандования, Генеральный штаб, Главное политическое управление РККА обязали военные советы и политические управления фронтов оказывать всемерную поддержку республиканским и областным комитетам партии в создании, вооружении и обучении партизанских отрядов и диверсионных групп, а также в переводе их за линию фронта в тыл противника и установлении с ними связи. К этой работе были привлечены органы внутренних дел и государственной безопасности. Большую роль в организации и становлении партизанских отрядов сыграли также советские военнослужащие, попавшие в окружение, но избежавшие плена или бежавшие из него. Среди партизан Ленинградской области в 1941 г. их численность составляла 18 %, в Орловской области – 10 %, в Литовской ССР – 22 %, в Белоруссии – более 10 %. Они привносили в партизанские отряды дисциплину, знание оружия и боевой техники. Опираясь на их боевой опыт, партизаны более уверенно решали свои задачи. К концу 1941 г. на оккупированной врагом территории удалось закрепиться и развернуть борьбу почти 5500 партизанским отрядам и группам, насчитывавшим около 90 тыс. человек.
Партизаны наносили противнику все более чувствительные удары. Со времени Московской битвы они начали взаимодействовать с регулярными войсками Красной Армии. Во время контрнаступления под Москвой партизаны дезорганизовали снабжение немецкой группы армий «Центр», разрушив в ее тылу участки железных дорог, мостов, устраивая завалы и засады на шоссейных и грунтовых дорогах. Командующий группой армий фельдмаршал Ф. Бок видел в их деятельности одну из причин поражения немецких войск. В своем дневнике 7 декабря 1941 г. он отметил: «Русские, разрушив почти все сооружения на главных магистралях, сумели так увеличить наши транспортные трудности, что фронту не хватает самого необходимого для существования и боев… Сегодня у нас нет никакой возможности для значительного маневра».
В январе – феврале 1942 г. партизаны Смоленской области освободили в тылу группы армий «Центр» 40 сел и деревень, где сразу же десантировались советские воздушно-десантные войска. Они отбили у противника Дорогобуж и объединились с соединениями Красной Армии, совершавшими рейды в тылу немецких войск. Входе этих боев была освобождена территория около 10 тыс. кв. км. Немецкое командование было вынуждено бросить на борьбу с партизанами семь дивизий.
30 мая 1942 г. состоялось решение Государственного Комитета Обороны о создании Центрального штаба партизанского движения. Начальником ЦШПД был назначен первый секретарь ЦК КП(б) Белоруссии П. Пономаренко. Одновременно при военных советах фронтов были созданы штабы по руководству партизанским движением: Карело-Финский, Ленинградский, Калининский, Западный, Брянский, Украинский. В результате этих мер существенно улучшилась организация борьбы в тылу врага, обеспечение партизанских отрядов средствами связи, боеприпасами, взрывчаткой. Повысились размах и эффективность боевых действий.
Слета 1942 г. задача борьбы с партизанами была поставлена перед главным командованием сухопутных войск Германии. Для этого использовалось до 10 % немецких дивизий, находившихся на советско-германском фронте. В 1943 г. против партизан действовало 25 армейских дивизий, а также немало специальных и полицейских формирований, в том числе состоявших из перешедших на службу врагу перебежчиков. Эти «добровольцы» с приближением конца Третьего рейха, пытаясь загладить вину перед Родиной, нередко целыми частями с оружием переходили на сторону партизан.
Несмотря на потери, численность партизан постоянно росла. К концу 1942 г. в тылу врага действовало 1770 партизанских отрядов и бригад, в которых насчитывалось 125 тыс. человек. В 1943 г. начался бурный рост партизанских сил. К концу этого года они увеличились вдвое, достигнув 250 тыс. человек.
Деятельность партизан имела широкий спектр. Они нарушали коммуникации противника, совершали боевые рейды в его глубокий тыл, обеспечивали командование Красной Армии важными разведывательными сведениями, которые способствовали успеху наступательных операций, и т. д.