В конце августа 1940 г. А. М. Коротков вновь возвращается в Берлин, на этот раз в качестве заместителя резидента легальной резидентуры под прикрытием должности третьего секретаря полпредства СССР в Германии. Там он активизировал восстановленные связи, в частности с Вилли Леманом (Брайтенбах), установил личные контакты с руководителями антифашистского подполья Харро Шульце-Бойзеном (Старшина), Адамом Кукхофом (Старик), Куртом Шумахером (Тенор). От этих антифашистов резидентура получала наиболее ценную информацию о подготовке Германии к нападению на Советский Союз.
В первые дни войны, когда здание советского полпредства в Берлине было блокировано гестапо, А. М. Коротков, рискуя жизнью, сумел несколько раз выехать в город для проведения встреч с агентурой, постановки задач и передачи радиостанции для связи с Центром и питания к радиостанции. Вскоре в числе интернированных сотрудников полпредства СССР в Германии он вернулся в Москву.
С августа 1941 г. — заместитель начальника, а с октября 1941 г. — начальник 1-го отдела (разведка в Германии и на оккупированных ею территориях) 1-го управления НКВД-НКГБ СССР. Координировал операции по организации связи с агентурой, руководил подготовкой агентов-нелегалов и их выводом на территорию противника.
В 1943—1944 гг. выезжал в Тегеран и дважды в Афганистан для выполнения специальных заданий по ликвидации германской агентуры в этих странах, действуя под фамилией полковника Михайлова.
С 20 октября 1945 г. по 19 января 1946 г. находился в Берлине в качестве резидента объединенной резидентуры внешней разведки в Германии и заместителя политического советника при главноначальствующем СВАГ.
С мая 1946 г. А. М. Коротков — начальник управления «1-Б» (нелегальная разведка) и заместитель начальника ГТГУ МГБ СССР. С 29 июля 1947 г. он начальник 4-го управления (нелегальная разведка) КИ при СМ СССР, с 19 мая 1949 г. одновременно член КИ.
С 9 сентября 1950 г.— заместитель начальника Бюро № 1 МГБ СССР по разведке и диверсиям за границей. С ноября 1952 г.— заместитель начальника ПГУ МГБ СССР и начальник управления «С» (нелегальная разведка). С марта 1953 г. — заместитель начальника, с 28 мая 1953 г.— и.о. начальника ВГУ МВД СССР. С 17 июля 1953 г. — начальник отдела HP ВГУ.
С марта 1954 г. — и. о. начальника спецуправления (HP), врио заместителя начальника ПГУ. С 6 сентября 1955 г. — начальник спецуправления и заместитель начальника ПГУ КГБ при СМ СССР.
В ноябре 1956 г. А. М. Коротков был направлен в Венгрию в качестве заместителя руководителя опергруппы КГБ И.А.Серова. Участвовал в оперативно-чекистских мероприятиях по подавлению венгерского восстания, в задержании активных повстанцев и изъятии оружия у населения, а также в захвате и выводе в Румынию бывшего премьер-министра Венгрии Имре Надя.
С 23 марта 1957 г.— уполномоченный КГБ по координации и связи с МГБ и МВД ГДР, действовал под прикрытием должности советника посольства СССР в ГДР.
Награжден орденом Ленина, шестью орденами Красного Знамени, орденом Отечественной войны 1-й степени, двумя орденами Красной Звезды, многими медалями, знаком «Почетный сотрудник органов госбезопасности», чехословацким орденом «Боевой Крест 1939 г.», югославским орденом «Партизанская звезда» 1-й степени (1946), орденом ГДР «За заслуги перед Отечеством» в золоте (1958), государственными наградами Польши.
В середине июня 1961 г. А. М. Коротков был срочно вызван в Москву. 27 июня на теннисном корте московского комплекса «Динамо» во время игры с начальником ГРУ ГШ И. А. Серовым скончался от разрыва аорты.
Подобное положение дел вызвало обеспокоенность в Центре, поскольку Харнак нарушил главный принцип — разделение сети на изолированные друг от друга части, что резко снижало возможность полного провала. Но в связи с войной в Европе Москве ничего не оставалось делать, как использовать сеть Корсиканца такой, какой она была. Ведь менее чем через неделю после восстановления контакта, 26 сентября 1940 года, Короткое получил от Харнака первое сообщение, говорящее о начале военных приготовлений Германии к нападению на СССР:
«Офицер из Верховного командования (ОКВ) рассказал Тициенсу, что в начале следующего года Германия начнет войну против Советского Союза. Предварительным шагом является военная оккупация Румынии, намеченная на ближайшее время. Целью войны является отторжение от Советского Союза его западноевропейской части по линии Ленинград — Черное море и создание на этой, территории государства, целиком и полностью зависящего от Германии. Что касается остальной части Советского Союза, то там должно быть создано дружественное Германии правительство. На заседании комитета экономической войны возглавляющий этот комитет контр-адмирал Гросс сделал намеки, что генеральные операции против Англии откладываются»[54].
Но еще более важными стали поступающие от Харнака сообщения после того, как в декабре 1940 года он установил контакт с лейтенантом люфтваффе Харро Шульце-Бойзеном.