С началом Великой Отечественной войны М. А. Аллахвердов под оперативным псевдонимом Заман вновь становится легальным резидентом в Афганистане. Под его руководством была раскрыта сеть германской агентуры и в тесном взаимодействии с британской разведкой парализована деятельность германских и японских спецслужб в этом регионе.
По возвращении в Москву в декабре 1943 г. М. А. Аллахвердов стал первым начальником вновь созданного информационного отдела 1-го управления НКГБ СССР.
В 1945 г. выезжал в Швейцарию для выполнения специального задания.
С ноября 1947 г. по 1955 г. — заместитель начальника по учебной и научной части Высшей разведывательной школы КИ при СМ СССР, МГБ СССР, МВД СССР, КГБ при СМ СССР.
В 1955 г. уволен в отставку по выслуге лет.
Скончался в Москве. Награжден орденами Ленина, Красного Знамени, «Знак Почета», Отечественной войны 1-й степени, многими медалями, знаком «Почетный сотрудник госбезопасности».
Полученная сводка, имевшая название «Календарь сообщений Корсиканца и Старшины», представляла собой десять страниц убористого машинописного текста, где были перечислены даты получения Корсиканцем и Старшиной наиболее важной информации, указаны лица, от которых она поступала, и дано ее краткое содержание. К сожалению, советское руководство не полностью использовало поступающую по каналам разведки информацию. Возможно, немалую роль сыграли в этом акции по дезинформации, которые активно велись немцами и в которых участвовали лично Гитлер, Геринг и Геббельс. Так, через подставленного гестапо резиденту НКВД в Берлине Амаяку Кобулову (Захар) агента Ореста Берлинкса (Лицеист), которого контролировал лично Риббентроп, в Москву была подброшена дезинформация относительно концентрации немецких войск у границы СССР. Согласно ей войска сосредоточиваются на Востоке, чтобы нанести внезапный и решительный удар по Великобритании. «Мы во время мировой войны умели путем колоссальных перебросок войск замаскировать действительные намерения немецкого командования». Именно такое официальное объяснение, по словам Лицеиста, он получил 4 марта 1941 года от полковника Блау из ОКВ.
Попадались на дезинформацию и Харнак с Шульце-Бойзеном. В апреле 1941 года Корсиканец сообщил Короткову, «что на одном из совещаний ответственных должностных лиц из министерства экономики представитель отдела печати Кролл заявил следующее:-«СССР будет предложено присоединиться к державам оси Берлин— Рим и напасть на Англию. В качестве гарантии будет оккупирована Украина и, возможно, Балтийские государства тоже»[57].
А в мае 1941 года было получено сообщение от Старшины, подтверждавшее предположение Москвы, что нападению Германии будет предшествовать некий ультиматум:
«Вначале Германия предъявит Советскому Союзу ультиматум с требованием более широкого экспорта в Германию и отказа от коммунистической пропаганды. В качестве гарантии удовлетворения этих требований в промышленные и хозяйственные центры и предприятия Украины должны быть посланы немецкие комиссары, а некоторые украинские области должны быть оккупированы немецкой армией. Представлению этого ультиматума будет предшествовать «война нервов» в целях деморализации Советского Союза»[58].
16 июня Короткое передал в Москву донесение Старшины о том, что люфтваффе получила боевой приказ. Сообщение заканчивалось следующими словами: «Все германские военные мероприятия по подготовке вооруженного нападения на Советский Союз полностью закончены, и удара можно ожидать в любое время». Руководство НКВД немедленно передало сообщение И. Сталину. Но тот наложил на донесение следующую резолюцию: «Товарищу Меркулову. Можете послать свой источник из военно-воздушных сил Германии к... матери. Это не источник, а дезинформатор. И. Сталин»[59].
На следующий день, 17 июня, Сталин вызвал к себе наркома госбезопасности Меркулова и начальника внешней разведки Фитина! По словам Фитина, встреча происходила следующим образом: