Морковная муха не способна совершать длительные перелеты, поэтому для профилактики ее появления новые посевы моркови должны располагаться не менее чем в 500—1000 м от прошлогодних. Регулярная прополка моркови, а также осенняя перекопка земли позволяют снизить численность вредителя. Применение инсектицидов оправдано, если на 20 растений приходится более 1 яйца морковной мухи.