Московский областной СНК оттягивал много сил у республики, и так-то не богатой опытными руководителями. Центральное Советское правительство, переехав в Москву, оставило часть своих работников в Петрограде. Необходимо было пополнение, а областной Совнарком отказывался удовлетворить эти требования. Например, 12 апреля он постановил, что Покровский не может занять должность заместителя комиссара народного просвещения РСФСР.
Центральный Совнарком по докладу Покровского принял решение создать комиссию из представителей обоих Советов Народных Комиссаров для разбора конфликтов между ними и более точного разграничения их функций и прав. Такая комиссия была создана. В ходе ее работы стороны пришли к выводу, что нужно объединить силы центра и области, активные областные работники должны входить в центральный Совнарком как члены коллегий.
Покровский был полностью с этим согласен. В одном из его писем говорилось: «В совещании с Лениным и Троцким, на другой день Пасхи, Совнарком наш решено было ликвидировать… Я все больше и больше вселяюсь в Комиссариат просвещения». 20 мая на собрании большевистской фракции Московского областного исполкома Михаил Николаевич заключил, что областному Совнаркому не удалось развернуть свою работу в области; занимался он исключительно мелкими вопросами, а для этого отвлекать ответственных работников не следует. В тот же день областной исполком, вопреки протесту левых эсеров, принял решение о ликвидации Московского областного Совнаркома. 9 июня аналогичное постановление утвердил Президиум ВЦИК.
Упразднение дублирующих центральную власть областных органов упростило и удешевило государственный аппарат, высвободило опытные кадры для новой работы. Покровский стал членом Совета Народных Комиссаров РСФСР, заместителем наркома просвещения. Он возглавил научный отдел, отдел школьной политики и высших учебных заведений, был председателем Государственного ученого совета – высшего политического и методического органа Наркомпроса. С его именем связаны крупнейшие мероприятия по организации научных учреждений, архивного, библиотечного и музейного дела. В феврале 1921 года в Наркомпросе под председательством Покровского был создан Академический центр, объединивший Государственный ученый совет, Управление научными учреждениями, Главархив и Главмузей. В его руках сосредоточилось руководство всей научной деятельностью в стране. При участии Михаила Николаевича были подготовлены и изданы декреты о введении новой орфографии, охране научных ценностей, памятников искусства и старины, ликвидации безграмотности и т. д. Всего установлено авторство ученого в разработке 16 проектов законодательных актов в области культурного строительства. В 1918-1922 годах он 296 раз представлял Комиссариат просвещения на заседаниях Совнаркома РСФСР и Совета труда и обороны.
Рабочий день Покровского был расписан по минутам. Когда однажды партийные инстанции захотели учесть все обязанности, возложенные на Михаила Николаевича, все работы, в которых он принимал участие, то пришли в изумление перед его невероятной, нечеловеческой перегруженностью. По подсчетам самого Покровского, он занимал 19 должностей, «связанных с постоянной работой» в различных органах Наркомпроса, ВЦИК и ЦИК СССР, а также в редакциях журналов исторического и общественно-политического профиля. А сколько еще нужно прибавить к этому «не постоянной», но не менее важной и ответственной работы!
Между 1925 и 1927 годами историк составил «Расписание недели М.Н. Покровского». Расчеты, сделанные на основании этого оригинального документа, показали, что от 40 до 50 часов в неделю у него уходило на работу и прием в Комиссариате просвещения, деятельность в Большой Советской Энциклопедии, руководство ГУСом и т. д., часть времени занимало преподавание и чтение лекций. Свободными оставались лишь два вечера – в среду и субботу. Такой сверхинтенсивный ритм Покровский считал ненормальным, во многом – результатом неумения правильно, рационально организовать труд и использовать имеющиеся силы. «Министр, работающий 18 часов в сутки, – писал он, – это именно азиатская картина, а не европейская».
Административную и научно-исследовательскую работу Покровский сочетал с исследовательской. Всего в 1918-1932 годах было опубликовано более 580 его произведений, а одним из главных объектов изучения ученого становится Октябрьская революция. Первостепенную роль при этом играл вопрос о ее предпосылках. Поиски ответа на него позволяли заглянуть в глубь российской и мировой истории, были отправной точкой для пересмотра всей предшествующей историографии. Из-за большой занятости и нездоровья Покровскому не удалось подготовить сводный труд по истории революции. Тем не менее существенный вклад ученого в разработку многих ее проблем несомненен.