Заметив, что низложенная партия хлопочет о возвращении своего влияния, царь ожесточился. Начались казни. Впрочем, на первых порах Иван Грозный часто довольствовался заключением в монастырь или ссылкой. С многих взяты были поручные записи, что они не отъедут за рубеж. Предположение подобного намерения нельзя считать фантазией царя; оно бывало и в действительности. Так отъехали Вишневецкий, двое Черкасских, Заболоцкий, Шашкович и с ними много детей боярских. В 1564 году отъехал в Литву князь А.М. Курбский. Курбский был не просто боярин, он не только защищал права высшего сословия на участие в советах государя; он был потомок удельных князей и не мог забыть победы Москвы. В письме к Грозному Андрей Курбский вспоминает предка своего Федора Ростиславича, указывает на то, что князья его племени «не обыкли тела своего ясти и крови братий своих пити».
Княжата в ту пору составляли особый высший разряд в Московском государстве. В виде вотчин владели они остатками своих бывших уделов. Царь в 1562 году издает указ, которым ограничиваются права княжат на распоряжение своими вотчинами. Флетчер сообщает, что, подвергая опале княжат, Иван Васильевич отнимал у них вотчины и давал поместья в других местах, разрывая, таким образом, связь между населением и бывшими удельными князьями.
Отъезд Курбского и его резкое послание еще сильнее возбудили подозрительность царя. Он стал готовиться к нанесению решительного удара тем, кого считал своими врагами. Для этого нужно было убедиться, насколько можно было рассчитывать на бездействие народа. С этой целью 3 декабря 1564 года Иван Васильевич, взяв с собой царицу Марию Темрюковну, с которой вступил в брак в 1561 году, царевичей, многих бояр, дворян с семьями, вооруженную стражу, всю свою казну и дворцовые святыни, поехал по разным монастырям и наконец остановился в Александровской слободе.
Недоумение москвичей по поводу этого отъезда продолжалось до 3 января 1565 года, когда митрополит Афанасий получил грамоту от царя, в которой, исчисляя вины бояр, начиная с его малолетства, он обвинял их в корыстолюбии, нерадении, измене. Государь объявлял, что, не желая терпеть измены, оставил свое государство и поехал поселиться, где Бог ему укажет. С тем вместе получена была грамота к православному населению града Москвы, в которой государь писал, что на них он гнева не имеет. Странное сообщение поразило всех. Духовенство, бояре и горожане в недоумении приступили к митрополиту с просьбами, чтобы он умолил царя; причем горожане указывали – просить царя, чтобы он государства не оставлял, а их на расхищение волков не давал, «наипаче от рук сильных избавлял». И те и другие равно выразили мысль, что изменников государь волен казнить как ему угодно.
С этим полномочием поехала из Москвы депутация из разных чинов людей, во главе которой стоял Пимен, архиепископ Новгородский. Царь склонился на просьбу и объявил, что снова принимает власть, что будет казнить изменников. Он сказал, что из государства и двора выделяет себе часть, которую назвал
Опричники. Художник Николай Неврев
Еще в послании Ивана Грозного из Александровской слободы он осуждал обычай духовенства печаловаться за осужденных. Но самое серьезное столкновение по этому вопросу возникло тогда, когда первосвятительскую кафедру занял соловецкий игумен Филипп из рода Колычевых. Зная лично и уважая Филиппа, царь в 1567 году предложил ему московскую кафедру митрополита. Филипп, сначала отказывавшийся, согласился под условием уничтожения опричнины. Царь оскорбился. Собору удалось примирить их, и Филипп дал обещание в опричнину и царский домовый обиход не вступаться. Но подозрение запало в царскую душу. Новый митрополит начал ходатайствовать за опальных и обличать царя. Произошло несколько столкновений.
Враги Филиппа, в числе которых был, между прочим, царский духовник, наконец восторжествовали. Филипп удалился в Николаевский монастырь (позже – Греческий на Никольской улице), где и служил. В крестном ходе заметил он однажды опричника в тафье и обличал его. Царь рассердился, тем более что, когда он оглянулся, тафья уже была снята.
Во время богослужения 8 ноября 1568 года Филипп был схвачен опричниками в церкви, на другой день торжественно лишен сана и вскоре свезен в тверской Отроч монастырь, где был задушен.
Вскоре после низведения митрополита Филиппа погиб двоюродный брат царя Владимир Андреевич, в котором Иван Грозный видел, и, быть может, не без основания, опасного претендента.