Земской Собор 21 февраля 1613 года избрал Михаила Федоровича царем. 13 марта послы от Собора прибыли в Кострому и на следующий день были приняты в Ипатьевском монастыре. Инокиня Марфа и ее сын решительно отказывались принять предложение Собора, главным образом потому, что, как говорила мать, «у сына ее и в мыслях нет на таких великих преславных государствах быть государем; он не в совершенных летах, а московского государства всяких чинов люди по грехам измалодушествовались, дав свои души прежним государям, не прямо служили».
Портрет царя Михаила Федоровича. Художник Иоганн Ведекинд. 1728
После шестичасовых переговоров мать и сын, когда им пригрозили, что Бог взыщет на них за конечное разорение государства, согласились принять избрание Михаила Федоровича на царский престол.
В Успенском соборе Московского Кремля 11 июля 1613 года состоялось венчание на царство Михаила Федоровича. Началось правление династии Романовых.
Молодой и слабохарактерный царь не мог обойтись без твердой поддержки родных. Таковую ему оказывала, и даже чрезмерно, мать, а после возвращения из польского плена и отец. Владыка Филарет был человек крутого и жесткого нрава, но инокиня Марфа отличалась еще более крутым и властным характером. «Достаточно было взглянуть на ее портрет, – пишет историк С.Ф. Платонов, – на низко опущенные брови, суровые глаза, крупный, с горбинкой нос, а всего более на насмешливые и вместе с тем повелительные губы, чтобы составить себе понятие об ее уме, сильном характере и воле, но эти признаки мало говорят о мягкости и доброте».
Вступив на московский престол, Михаил Федорович принужден был заняться упорядочением внутренних дел и борьбой с внешними врагами – Швецией и Польшей. К тому же многочисленные разбойничьи шайки спокойно переносились из одного края Русской земли в другой, грабили и бесчинствовали, вконец разоряя Московское государство.
Первой заботой нового правительства был сбор казны. Царь и Земской Собор повсюду рассылали грамоты с приказаниями собирать подати и казенные доходы, с просьбами займа для казны денег и всего, что только можно дать. Особенное внимание было обращено на шайки казаков и всякого другого сброда. Продолжительна была борьба с Заруцким, с шайкой которого разделались только в июне 1614 года. Осенью 1614 года сладили с атаманом Баловнем и его шайкой на верхнем течении Волги. Наконец, к 1616 году удалось ослабить и рассеять наиболее опасную шайку – Лисовского.
Земской Собор 1616 года решает обложить всех торговых людей пятой деньгой и указывает богатым людям, какие суммы они должны дать казне для ведения войны с внешними врагами. Шведы владели Новгородом и Водской пятиной и желали присоединения этой области к Швеции. Кроме того, они требовали, чтобы Россия признала московским царем королевича Филиппа, которому уже присягали новгородцы. Но более всего шведы интересовались тем, чтобы не допускать русских к Балтийскому морю. Поэтому они охотно согласились на посредничество Англии и Голландии в переговорах о мире.
Переговоры часто прерывались, наконец, они закончились вечным миром 27 февраля 1617 года в Столбове. Шведы уступали русским Новгород, Порхов, Старую Руссу, Ладогу и Гдов, а русские шведам – приморский край: Ивангород, Ямь, Копорье, Орешек и Корелу, обязываясь при том выплатить Швеции 20 тысяч рублей. Тогда же англичане, голландцы и шведы выхлопотали себе важные торговые привилегии.
Летом 1617 года польский королевич Владислав двинулся к Москве и в 1618 году, опираясь на помощь украинского гетмана Сагайдачного, вошел в Московскую область. 1 октября русские войска у Арбатских ворот Москвы отразили приступ польских войск и украинских отрядов. После неудачного приступа к Москве Владислав и Сагайдачный отступили к Троице-Сергиевой лавре. Туда же под предводительством Федора Шереметева двинулось и русское войско. Но битвы не последовало, так как обе стороны чувствовали себя обессиленными. 1 декабря 1618 года заключено было Деулинское перемирие на 14 лет и 6 месяцев.
Вернувшемуся в 1619 году из польского плена митрополиту Филарету был предложен патриарший престол. После обычных отрицаний Филарет принял его, получив титул «великого государя». Наступило время двоевластия: грамоты писались от имени царя и патриарха, Михаил Федорович во всех вопросах подчинялся влиянию отца. Все внимание царя и патриарха сосредоточивается на внутренних делах.